Στην τελική ευθεία έχει μπει η επαναλειτουργία του Αρχαιολογικού Μουσείου Κυθήρων. Η λειτουργία του μουσείου είχε ανασταλεί στις 8 Ιανουαρίου 2006, όταν, μετά από ισχυρό σεισμό που έπληξε το νησί, προκλήθηκαν σοβαρές ζημιές στο κτήριο. Έκτοτε το Μουσείο παρέμενε κλειστό, λειτουργώντας ως αποθήκη αρχαιοτήτων και εργαλείων ανασκαφής.
Το έργο που αφορά την επανέκθεση του μουσείου εντάχθηκε στο ΕΣΠΑ και τον Αύγουστο του 2013 ξεκίνησαν οι εργασίες για την υλοποίησή του. Η ανακαίνιση του κτηρίου και η αναδιαμόρφωση των εκθεσιακών του χώρων υλοποιείται με την εποπτεία της Διεύθυνσης Μελετών Μουσείων και Πολιτιστικών Κτηρίων και της Διεύθυνσης Έργων Μουσείων και Πολιτιστικών Κτηρίων του ΥΠΠΟΑ, ενώ η επανέκθεση διοργανώνεται από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Δυτικής Αττικής, Πειραιώς και Νήσων.
Το κοινό μπορεί να παρακολουθεί βήμα βήμα το έργο της επανέκθεσης στο διαδικτυακό ημερολόγιο της Εφορείας Αρχαιοτήτων Δυτικής Αττικής, Πειραιώς και Νήσων, στο οποίο θα αναρτώνται πληροφορίες, ενδιαφέροντα ιστορικά στοιχεία αλλά και φωτογραφικό υλικό από τη διαδικασία.
«Η δημιουργία ενός αρχαιολογικού μουσείου που θα αφηγούνταν μέσα από τα εκθέματά του την ιστορία των Κυθήρων ήταν επιθυμία και αίτημα των κατοίκων του νησιού ήδη από τις αρχές του 20ού αιώνα» μας πληροφορούν οι αρχαιολόγοι Κική Ψαράκη και Εύη Πίνη. «Η πρώτη προσπάθεια να ιδρυθεί μουσείο ξεκίνησε στα χρόνια του Μεσοπολέμου από τον φιλάρχαιο Γυμνασιάρχη Σπύρο Στάθη και συνεχίστηκε από τον μαθητή του και μετέπειτα φιλόλογο Θεμιστοκλή Πετρόχειλο. Ο Πετρόχειλος, όντας διορισμένος στο Αρχειοφυλακείο των Κυθήρων, ανέλαβε παράλληλα καθήκοντα επιμελητή αρχαιοτήτων και άρχισε να συλλέγει αρχαιότητες με σκοπό να ιδρύσει μουσείο. Με αυτό το στόχο ζήτησε από τον τότε Διευθυντή Αρχαιοτήτων Αναστάσιο Ορλάνδο να επιστραφούν στο νησί όλα τα αντικείμενα που είχε βρει ο Βαλέριος Στάης κατά τις ανασκαφές του.
»Αν και οι προσπάθειες του Θεμιστοκλή Πετρόχειλου δεν απέφεραν τους αναμενόμενους καρπούς, ωστόσο το νησί απέκτησε μια αρχαιολογική συλλογή που στεγάστηκε αρχικά στο Κάστρο, σε αίθουσα του Αρχειοφυλακείου Κυθήρων. Το 1952/54, ένας ιδιώτης, ο Παναγιώτης Στάθης, παραχώρησε στον Δήμο Κυθήρων έναν μικρό χώρο στον κεντρικό δρόμο της Χώρας, για να στεγαστεί εκεί η αρχαιολογική συλλογή».
Τη δεκαετία του ‘7ο ο Κυθηραϊκός Σύνδεσμος δώρησε στο Υπουργείο Πολιτισμού ένα κτήριο στο οποίο στεγαζόταν τη δεκαετία του 1920 η Οικοκυρική Σχολή, με σκοπό την ίδρυση αρχαιολογικού μουσείου. Μετά την ολοκλήρωση των απαραίτητων εργασιών το 1981, η Αρχαιολογική Συλλογή του νησιού μεταφέρθηκε εκεί.
Σήμερα, τα περισσότερα από τα αρχαία αντικείμενα έχουν μεταφερθεί στο Αρχαιολογικό Μουσείο Πειραιά για συντήρηση και αποθήκευση, ενώ οι ενάλιες αρχαιότητες παραχωρήθηκαν στην Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων. Στα Κύθηρα έμεινε ο μαρμάρινος λέων ο οποίος στεγάστηκε προσωρινά στη Συλλογή οικοσήμων της 1ης ΕΒΑ στο Κάστρο Κυθήρων.