Ιδιαίτερα προσεγμένα σπίτια από πέτρα και πλιθιά, με πέτρινα υποστρώματα δαπέδων ήρθαν στο φως κατά την τρίτη περίοδο έρευνας πεδίου του προγράμματος αρχαιολογίας και αρχαιολογικής εθνογραφίας στην Κουτρουλού Μαγούλα, που αποκαλύπτει σταδιακά μια σημαντική και εντυπωσιακά διατηρημένη αρχαιολογική θέση.
Μερικοί πέτρινοι τοίχοι διατηρούνται πάνω από ένα μέτρο σε ύψος, κάτι ιδιαίτερα σπάνιο για την περίοδο αυτή, που ίσως υποδηλώνει την ύπαρξη εξ ολοκλήρου πέτρινων τοίχων και όχι απλώς πέτρινων θεμελίων, όπως ήταν η επικρατούσα άποψη μέχρι σήμερα.
Η Κουτρουλού Μαγούλα, κοντά στα χωριά Βαρδαλή και Νέο Μοναστήρι της Φθιώτιδας, είναι ένας από τους μεγαλύτερους τεχνητούς λόφους που δημιουργήθηκαν στην Ελλάδα, καλύπτοντας μια έκταση περίπου 40 στρεμμάτων και με ύψος 6,6 μέτρα από την πεδιάδα. Κατοικήθηκε κατά τη Μέση Νεολιθική Περίοδο (περίπου 5800-5300 π.Χ.) από μια κοινότητα μερικών εκατοντάδων ανθρώπων.
Η ανασκαφή στη θέση άρχισε το 2001 από την Επίτιμη Διευθύντρια του ΥΠΑΙΘΠΑ κ. Νίνα Κυπαρίσση και από το 2010 διενεργείται στα πλαίσια του νέου προγράμματος συνεργασίας της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας και του Πανεπιστημίου του Southampton, μέσω της Βρετανικής Σχολής Αθηνών, με τη συνδιεύθυνση της κ. Κυπαρίσση και του κ. Γιάννη Χαμηλάκη.
Έχει αποδώσει πολλά και σημαντικά ευρήματα, μεταξύ των οποίων πολλά πήλινα ειδώλια, που υπερβαίνουν τα 300. Αναλογικά με την ανασκαμμένη έκταση, ο αριθμός αυτός είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακός, ίσως από τους μεγαλύτερους στη Νεολιθική της νοτιοανατολικής Ευρώπης.
Η γεωφυσική διασκόπηση και η τοπογραφική έρευνα των τελευταίων τριών χρόνων έδειξαν πως οι κάτοικοι της Μαγούλας κατά τη Νεολιθική Περίοδο είχαν διαμορφώσει το χώρο σε άνδηρα και φαίνεται πως είχαν κατασκευάσει μια σειρά από κυκλικούς τάφρους που περιέβαλλαν τον οικισμό, έργο που θα απαιτούσε τη συντονισμένη, συλλογική προσπάθεια ενός σημαντικού αριθμού ατόμων. Αν και μέχρι σήμερα δεν υπάρχουν μαρτυρίες για την ύπαρξη κεντρικής εξουσίας στο χώρο κατά τη Μέση Νεολιθική, αρκετοί άνθρωποι μπορούσαν να συνεργαστούν και να δουλέψουν συλλογικά για την κατασκευή κοινoτικών και ίσως κοινωνικά ωφέλιμων έργων.
Η Μαγούλα αποτέλεσε σημαντικό ιστορικό τόπο και τους επόμενους αιώνες. Κατά το τέλος της Εποχής του Χαλκού ένας θολωτός τάφος κατασκευάστηκε στην κορυφή του λόφου, ενώ κατά τα Μεσαιωνικά χρόνια (12-13ος αιώνας μ.Χ.) τουλάχιστον ένα άτομο (μια νεαρή γυναίκα) θάφτηκε ανάμεσα στα νεολιθικά σπίτια.
Εκτός από την ανασκαφή, το πρόγραμμα πραγματοποιεί εθνογραφική έρευνα στην περιοχή, καθώς και δράσεις δημόσιας αρχαιολογίας, συμπεριλαμβανομένων θεατρικών δρώμενων που γράφτηκαν ειδικά για την ανασκαφή και ανέβηκαν δίπλα στις ανοικτές τομές, όπως οι παραστάσεις «Το Γεύμα» (2011) και «Το Σπίτι» (2012), οι οποίες εξελίχθηκαν σε λαϊκό γλέντι, με τη συμμετοχή πολλών κατοίκων από την περιοχή.
Κατά το 2013 και το 2014, η ερευνητική ομάδα θα πραγματοποιήσει μελέτη του υλικού, καθώς και σειρά δημοσιεύσεων σε επιστημονικά περιοδικά και άλλα έντυπα.