Έναν αιώνα ζωής συμπλήρωσε αισίως το Αρχαιολογικό Μουσείο Αλμυρού, «φιλοξενώντας» διάφορες επιπροσθέτως σημαντικές δράσεις και εκπαιδευτικά προγράμματα, προκειμένου τα παιδιά να γίνουν κοινωνοί της ιστορίας μέσα από βιωματικές δράσεις. Από τα εγκαίνιά του, το 1998, μέχρι και σήμερα, αποτελεί έναν ιδιαίτερα αξιόλογο χώρο πολιτισμού, όχι μόνο για την πόλη του Αλμυρού αλλά και για ολόκληρη τη Θεσσαλία.
Όπως αναφέρει η προϊσταμένη της ΙΓ’ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, Αργυρούλα Δουλγέρη-Ιντζεσίλογλου «διοργανώνονται συχνά μουσικές, αλλά και επιστημονικές εκδηλώσεις, όπως η εκδήλωση που πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο του εορτασμού της Διεθνούς Ημέρας Μουσείων και της εκατονταετηρίδας του Μουσείου, με θέμα την ιστορία του και την προβολή της προσωπικότητας του ιδρυτή του Νικόλαου Γιαννόπουλου. Κατά τη διάρκεια της εκδήλωσης αυτής, το Μουσείο ονομάστηκε “Γιαννοπούλειο”, ως ελάχιστη ένδειξη αναγνώρισης του έργου του αυτοδίδακτου αυτού αρχαιολόγου και αξιόλογου πνευματικού ανθρώπου».
Επίσης στις αίθουσες του Μουσείου εφαρμόζονται εκπαιδευτικά προγράμματα, οργανώνονται εικαστικές εκθέσεις, όπως η έκθεση έργων τέχνης του Απόστολου Χασιώτη, που πραγματοποιήθηκε το καλοκαίρι του 2010, εντυπωσιάζοντας το κοινό. Παράλληλα πραγματοποιούνται πολλές οργανωμένες ενημερωτικές περιηγήσεις των επισκεπτών με τη συνοδεία αρχαιολόγων της ΙΓ’ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Επιπροσθέτως, το Αρχαιολογικό Μουσείο του Αλμυρού αποτελεί κέντρο επιστημονικής μελέτης των ευρημάτων από τους μελετητές που ασχολούνται με την περιοχή και η παλιά Βιβλιοθήκη της Φιλαρχαίου Εταιρείας «Όθρυς» που στεγάζεται στο χώρο του Μουσείου, είναι ανοιχτή σε όλους και περιλαμβάνει παλιά, σπάνια βιβλία και χειρόγραφα.
Στο εσωτερικό του Μουσείου η έκθεση οργανώνεται σε τρεις μουσειακές ενότητες που αφορούν την ιστορία της περιοχής του Αλμυρού, της αρχαίας Αχαΐας Φθιώτιδας και που αντιστοιχούν στις τρεις αίθουσες του Μουσείου. Μιας περιοχής, στην οποία η ύπαρξη σημαντικών αρχαιολογικών θέσεων (όπως οι Φθιώτιδες Θήβες, η Άλος και το μεσαιωνικό Κάστρο στα δυτικά της), καθώς και το πλήθος των μυθολογικών στοιχείων και προσώπων που κυριαρχούσαν σε αυτή —ο Φρίξος και η Έλλη, ο ιδρυτής της Άλου βασιλιάς Αθάμας, ο Αχιλλέας και οι Μυρμιδόνες— πιστοποιούν την πλούσια ιστορία της από τα προϊστορικά χρόνια ως τις μέρες μας.
Στην κεντρική αίθουσα Α εκτίθενται ευρήματα από την αρχαία πόλη των Φθιωτίδων Θηβών. Η αίθουσα οργανώνεται σε τρία επιμέρους σύνολα που καλύπτουν το σύνολο της κοινωνικής και οικονομικής οργάνωσης της πόλης. Το πρώτο αφορά τα δημόσια κτίρια με ευρήματα από το άριστα σωζόμενο αρχαίο Θέατρο που λειτούργησε από τα ελληνιστικά ως τα ρωμαϊκά χρόνια, καθώς και από τα ιερά της Πολιάδας Αθηνάς (6ος-2ος π.Χ. αιώνας) και του Ασκληπιού (4ος π.Χ.-1ος μ.Χ. αιώνας). Το δεύτερο, αφορά την πολεοδομία και την κατοίκηση από τα ελληνιστικά ως τα ύστερα ρωμαϊκά χρόνια, ενώ το τρίτο αφορά την ταφική αρχιτεκτονική και τα ταφικά έθιμα από τα αρχαϊκά ως τα ρωμαϊκά χρόνια.
Στην αίθουσα Β εκτίθενται αντικείμενα της Νεολιθικής περιόδου από ανασκαφές ή περισυλλογές της περιοχής του Αλμυρού. Η Μέση Εποχή του Χαλκού αντιπροσωπεύεται από μια μικρής έκτασης ανασκαφή, που αποκάλυψε τμήμα αψιδωτής οικίας με τοιχοποιία κατά το σύστημα της «ιχθυάκανθας». Στην ίδια αίθουσα εκτίθενται και τα ευρήματα από το εκτεταμένο νεκροταφείο των Τύμβων όπου εμφανίζεται η πρακτική της καύσης των νεκρών και πιστοποιείται η ύπαρξη σημαντικού οικισμού από τα ύστερα πρωτογεωμετρικά ως και τα αρχαϊκά χρόνια.
Η αίθουσα Γ είναι αφιερωμένη στο αρχαιολογικό υλικό που προέρχεται από την ελληνιστική πόλη της Άλου. Αγγεία που παράγονταν σε τοπικά εργαστήρια, ειδώλια, σιδερένια και χάλκινα εργαλεία ενημερώνουν για τις καθημερινές ασχολίες των κατοίκων με τη γεωργία και την αλιεία. Νομίσματα χάλκινα και αργυρά πληροφορούν για τις εμπορικές σχέσεις της Άλου με άλλες γειτονικές πόλεις. Στις αίθουσες του κτιρίου έγινε προσπάθεια δημιουργίας ενός αισθητικά ουδέτερου περιβάλλοντος με σεμνά στοιχεία σε χαμηλούς τόνους, ώστε τα ίδια τα αντικείμενα να προβάλουν τις αρετές τους. Συγχρόνως όμως, το ουδέτερο αυτό περιβάλλον, να μην «ουδετεροποιεί» τα εκθέματα.
Το συντονισμό και την επιστημονική επιμέλεια της έκθεσης είχε η τότε προϊσταμένη της ΙΓ’ ΕΠΚΑ και νυν επίτιμη διευθύντρια του Αρχαιολογικού Ινστιτούτου Θεσσαλικών Ερευνών, δρ Βάσω Αδρύμη-Σισμάνη σε συνεργασία με τις αρχαιολόγους Ζωή Μαλακασιώτη, Ανθή Ευσταθίου, νυν προϊσταμένη της IE’ Εφορείας Αρχαιοτήτων Λάρισας, και Βάσω Ροντήρη. Την ευθύνη του σχεδιασμού και της υλοποίησης της νέας έκθεσης είχε η αρχιτέκτων και τοπογράφος μηχανικός Θάλεια Μακρή-Σκοτινιώτη σε συνεργασία με την αρχιτέκτονα Ρέα Γεωργίου. Πιστεύοντας ότι ένα μουσείο πρέπει να αποτελεί μια πνευματική εστία ανοιχτή στους κατοίκους της περιοχής και προσιτή στους ερευνητές, πραγματοποιήθηκε με τη συμβολή της Αρχαιολόγου δρος Αργυρούλας Ιντζεσίλογλου, σημερινής Προϊσταμένης της ΙΓ’ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, η οργάνωση και λειτουργία της αξιόλογης βιβλιοθήκης της «Όθρυος».
Το μικρό, κομψό νεοκλασικό κτήριο του Μουσείου Αλμυρού είναι ίσως το μοναδικό αρχαιολογικό Μουσείο στην Ελλάδα που ιδρύθηκε χάρη στη διάθεση κοινωνικών ομάδων να εμπλακούν στα πολιτιστικά δρώμενα της περιοχής τους. Συγκεκριμένα, χάρη στη δράση της Φιλαρχαίου Εταιρείας «Όθρυς» η οποία συστήθηκε το 1896 από μια ομάδα φιλάρχαιων επιστημόνων, λογίων και ευπόρων αστών της περιοχής, με «ψυχή» της τον Νικόλαο Γιαννόπουλο. Το 1910, ο Δήμος Αλμυρού δωρίζει στη Φιλάρχαιο Εταιρεία «Όθρυς» δύο οικόπεδα συνολικού εμβαδού 1.385 τ.μ. στη νοτιοανατολική πλευρά της πόλης. Τα σχέδια του Μουσείου εκπονούνται από τον μηχανικό Αθ. Γεωργιάδη και την ίδια χρονιά ξεκινούν οι εργασίες ανέγερσής του. Το διάστημα 1915-1923 σταματούν οι εργασίες οικοδόμησης και το ημιτελές οικοδόμημα βρίσκεται σε τραγική κατάσταση. Από το 1923 και εξής, η «Όθρυς» συγκεντρώνει με κάθε τρόπο, κυρίως με εισφορές κατοίκων του Αλμυρού, χρήματα για την αποπεράτωση του Μουσείου, το οποίο ολοκληρώνεται το 1930.
Ο δεύτερος παγκόσμιος πόλεμος αλλά και οι δύο σεισμοί που έπληξαν την περιοχή το 1955 και το 1956, προξένησαν εκτεταμένες καταστροφές στο κτίριο. Για μία ακόμη φορά η «Όθρυς» αναλαμβάνει ενεργό δράση και με δικά της έξοδα προχωρεί στη γενική επισκευή του από το 1956 έως το 1958, με τη συμπαράσταση πολιτών αλλά και του Δήμου Αλμυρού. Το ΔΣ πείθεται από τον τότε έφορο αρχαιοτήτων Δημήτρη Θεοχάρη και το 1960 παραχωρεί το Μουσείο στο κράτος. Από το 1962 αρχίζει ένας οργασμός δουλειάς, κυρίως στους τομείς της καταγραφής και συντήρησης των αρχαιοτήτων. Η προηγούμενη επισκευή του δεν θεωρείται όμως επαρκής. Έτσι, το 1965 ανατίθεται και εκτελείται η μελέτη της αντισεισμικής του στήριξης από τον αρχιτέκτονα Θόδωρο Ραφανίδη. Η επισκευή τελειώνει το 1969 και το Μουσείο αποκτά τη σημερινή του μορφή. Ο Δημήτρης Θεοχάρης όμως δεν κατορθώνει να πραγματοποιήσει τη σχεδιαζόμενη έκθεση.
Το 1976 είναι μια χρονιά-σταθμός για το Μουσείο, αφού από την ίδρυσή του λειτουργεί για πρώτη φορά ως επισκέψιμος εκθεσιακός χώρος. Ο τότε έφορος αρχαιοτήτων καθηγητής Γιώργος Χουρμουζιάδης, με τρόπο πρωτότυπο και μοναδικό, οργανώνει την πρώτη ουσιαστικά έκθεση του Μουσείου, μια έκθεση που σταμάτησε απότομα μετά από τέσσερα μόλις χρόνια, εξαιτίας των σεισμών του 1980. Οι ζημιές που υπέστη το Μουσείο Αλμυρού στους σεισμούς του 1980 το κατέστησαν ετοιμόρροπο. Ο χαρακτηρισμός του όμως το 1986 ως «ιστορικό διατηρητέο μνημείο» από την Εφορεία Νεωτέρων Μνημείων, το διέσωσε. Το 1987 το Υπουργείο Πολιτισμού αναθέτει την εκπόνηση της μελέτης της στατικής και αρχιτεκτονικής αποκατάστασης του κτιρίου του Μουσείου στο γραφείο της αρχιτέκτονος Ελένης Χαλκουτσάκη. Μετά το τέλος των αναστηλωτικών εργασιών το έτος 1996, ξεκινά η επίπονη προσπάθεια για την οργάνωση της σημερινής έκθεσης αρχαιοτήτων του Μουσείου Αλμυρού, μια προσπάθεια που ολοκληρώνεται το Μάιο του 1998.