Απολιθώματα προϊστορικών ζώων ηλικίας 2 περίπου εκατομμυρίων ετών ανακαλύφθηκαν στην περιοχή του Σέσκλου, δίνοντας στους επιστήμονες πολύ σημαντικές πληροφορίες για τα χαρακτηριστικά της περιοχής κατά το μακρινό παρελθόν. Πρόκειται για πολύ σημαντικά ευρήματα, τα οποία ανήκουν σε μεγαλόσωμους ελέφαντες, αντιλόπες, γαζέλες, ίππους και άλλα ζώα της προϊστορικής περιόδου, τα οποία αποκαλύπτουν την εικόνα της χλωρίδας και της πανίδας πριν από εκατομμύρια χρόνια. Σύμφωνα μάλιστα με τα πολύ ενδιαφέροντα στοιχεία που παρέθεσε στη διάρκεια παλαιότερου συνεδρίου για το αρχαιολογικό έργο στην περιοχή, ο δρ Γεωλόγος-Παλαιοντολόγος κ. Αθανάσιος Αθανασίου, της Εφορείας Παλαιοανθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας Νότιας Ελλάδας, υπήρχε πλούσια βλάστηση πριν από εκατομμύρια χρόνια στην περιοχή, προσφέροντας άφθονη τροφή στο ζωικό βασίλειο που απαρτιζόταν από μεγαλόσωμους ελέφαντες, διάφορα είδη γαζέλας, αντιλόπες και άλλα προϊστορικά ζώα.
Τα απολιθωμένα λείψανα θηλαστικών, οι λεγόμενες απολιθωμένες πανίδες κατά τους επιστήμονες, προσφέρουν αρκετά λεπτομερή εικόνα του έμβιου κόσμου της εκάστοτε εποχής, ενώ η αντίστοιχη πανίδα που εντοπίστηκε κοντά στο Σέσκλο, βρίσκεται βορειοανατολικά του χωριού και βορείως του νεολιθικού οικισμού.
Τα πρώτα απολιθώματα που εντοπίστηκαν ήδη από το 1971 παραδόθηκαν στον τότε γεωλόγο του Ι.Γ.Μ.Ε. Αθανάσιο Τάταρη (ο οποίος οργάνωσε την ανασκαφή τους), από τους υπευθύνους του αργιλωρυχείου όπου ανακαλύφθηκαν. Τα πολύ σημαντικά ευρήματα περιελάμβαναν λείψανα ενός προβοσκιδωτού, συγγενούς των σημερινών ελεφάντων, που ονομάζεται άναγκος (Anancus arvernensis σύμφωνα με τη διεθνή ζωολογική ονοματολογία), επειδή έφερε ευθείς και όχι καμπύλους χαυλιόδοντες.
Το 1982 κατά τη διάρκεια εργασιών του ορυχείου αποκαλύφθηκε νέα, πολύ πλούσια συγκέντρωση οστών, η οποία αποτέλεσε αντικείμενο σωστικής παλαιοντολογικής ανασκαφής του Πανεπιστημίου Αθηνών (ανασκαφέας o καθηγητής Ν. Συμεωνίδης). Έκτοτε έχουν γίνει αρκετές, περιορισμένης κλίμακας ανασκαφές και συλλογές οστών στη θέση, που προέκυψαν από την πρόοδο των εκσκαφών, καθώς και στα πλαίσια επιφανειακών ερευνών του Πανεπιστημίου Αθηνών και του Υπουργείου Πολιτισμού.
Πρόσφατα μάλιστα, αποκαλύφθηκε νέο κοίτασμα απολιθωμάτων το οποίο δίνει εξίσου σημαντικές και σπάνιες πληροφορίες στους επιστήμονες. «Το υλικό που προέκυψε από τις ανασκαφές περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό οστών ενός είδους αλόγου (Equus stenonis), διαφορετικού από το σημερινό, που ήταν κοινότατο σε όλη την Ευρώπη εκείνη την εποχή, και χαρακτηριζόταν από σωματικές αναλογίες ζέβρας. Πολυάριθμα ευρήματα ανήκουν επίσης σε διάφορα είδη αντιλοπών: τρία είδη γαζέλας, ένα είδος αντιλόπης με σπειροειδή κέρατα που ονομάζεται γαζελοσπείρα, ένα είδος μεγαλόσωμης αντιλόπης με κοντά και ευθέα κέρατα που ονομάζεται ευθύκερος. Η γαζελοσπείρα και ένα είδος μεγαλόσωμης γαζέλας προσδιορίστηκαν στο Σέσκλο για πρώτη φορά στην Ελλάδα, ενώ ο ευθύκερος είναι μέχρι στιγμής γνωστός μόνο από το Σέσκλο» αναφέρει ο κ. Αθανασίου, δίνοντας σαφή εικόνα των πολύ σημαντικών προϊστορικών ευρημάτων.
Εκτός από τον άναγκο, έχουν βρεθεί λείψανα (τμήματα χαυλιοδόντων, οστά των άκρων) ενός άλλου προβοσκιδωτού, ενός είδους πρωτόγονου μαμούθ, προγόνου του πολύ γνωστού τριχωτού μαμούθ των πολύ μεταγενέστερων εποχών των παγετώνων, αλλά αρκετά μεγαλύτερο από αυτό. Άλλα, περισσότερο σπάνια στοιχεία της πανίδας είναι τρία είδη ελαφοειδών, μία αρχέγονη καμηλοπάρδαλη (με πολύ επιμήκη άκρα, αλλά με κοντό αυχένα), ένας ρινόκερος και αρκετά σαρκοφάγα: αλεπού, νυκτερευτής (συγγενής της αλεπούς, που μοιάζει με το αμερικανικό ρακούν), μαχαιρόδοντας (αιλουροειδές μεγέθους λιονταριού, με πολύ μεγάλους κυνόδοντες στην άνω γνάθο), αρκούδα και ύαινα. Προ τριετίας βρέθηκε μάλιστα και ένα οστό στρουθοκαμήλου συμπληρώνοντας την εικόνα της πολυποίκιλης αυτής πανίδας. «Η σύσταση της πανίδας φυτοφάγων του Σέσκλου μας δίνει αρκετές πληροφορίες για να ανασυστήσουμε το περιβάλλον της περιοχής την εποχή εκείνη, όπου επικρατούσαν οι ανοιχτές εκτάσεις με χαμηλή βλάστηση και θάμνους, ενώ τα δέντρα περιορίζονταν πιθανότατα σε λίγες αραιές συστάδες. Αυτό συνάγεται από την αριθμητική υπεροχή των ίππων και των αντιλοπών, είδη που προτιμούν ανοιχτά περιβάλλοντα. Αντιθέτως, η παρουσία δασόβιων ειδών, όπως τα ελάφια, είναι πολύ περιορισμένη. Το συμπέρασμα αυτό επιβεβαιώνεται και από μελέτη της οδοντικής αποτριβής, που έδειξε ότι η πλειονότητα των φυτοφάγων τρεφόταν με χόρτα και θάμνους» τονίζει ο κ. Αθανασίου.
Η εικόνα του πλούσιου έμβιου κόσμου που μας αποκαλύπτεται από τα απολιθώματα του Σέσκλου έρχεται βέβαια σε πλήρη αντίθεση με τη φτωχότατη και γεωγραφικά διασκορπισμένη σημερινή πανίδα του ελλαδικού χώρου. Πράγματι, «οι πανίδες της Ευρώπης κατά την απώτερη προϊστορία, πριν από την έλευση και κυριαρχία του ανθρώπου στην ήπειρο, ήταν το ίδιο πλούσιες και ποικίλες, όσο και οι σημερινές αφρικανικές. Όμως η σταδιακή ψύχρανση του κλίματος και οι μεγάλες κλιματικές διακυμάνσεις ιδίως κατά τα τελευταία 200.000 έτη, το εντατικό κυνήγι και η -διαρκώς εντεινόμενη μέχρι τις μέρες μας- ιδιοποίηση του περιβάλλοντος από τον άνθρωπο, άσκησαν μεγάλη οικολογική πίεση στα μεγάλα θηλαστικά της Ευρώπης, οδηγώντας ταχέως στην εξαφάνισή τους» σημειώνει ο δρ Γεωλόγος-Παλαιοντολόγος. Μόνη μαρτυρία για την παρουσία τους κατά το παρελθόν είναι τα απολιθώματα, τα οποία γι’ αυτόν το λόγο αποτελούν αντικείμενα μεγάλης επιστημονικής αξίας, ενώ όπως εκτιμούν οι επιστήμονες, θα αποκαλύψουν σταδιακά και άλλα σημαντικά στοιχεία στο μέλλον.