Το 2001 το ΥΠΠΟΤ ξεκίνησε μια μεγάλη προσπάθεια για την ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου της Καρθαίας, στη ΝΑ εσχατιά της νήσου Κέας με χρηματοδότηση από το Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης. Την οικονομική διαχείριση των έργων ανέλαβε το Ταμείο Διαχείρισης Πιστώσεων για την Εκτέλεση Αρχαιολογικών Έργων (ΤΔΠΕΑΕ), ενώ την επίβλεψη και την επιστημονική ευθύνη του έργου είχε Επιστημονική Επιτροπή με πρόεδρο την καθηγήτρια αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών Ε. Σημαντώνη-Μπουρνιά και επιστημονικούς συνεργάτες την αρχιτέκτονα-μηχανικό Δ. Μαυροκορδάτου και την αρχαιολόγο δρα Τ. Πανάγου. Η πρώτη φάση της συντήρησης και ανάδειξης της Καρθαίας ολοκληρώθηκε τον Δεκέμβριο του 2008 και ο χώρος παραδόθηκε στο κοινό τον Ιούνιο του 2009.
Η μέριμνα όμως του ΥΠΠΟΤ για την αρχαία κληρονομιά του νησιού συνεχίζεται. Από τα μέσα του 2010 εντάχθηκαν στο ΕΣΠΑ στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Νήσων Αιγαίου και σήμερα βρίσκονται σε πλήρη εξέλιξη, δύο έργα εξαιρετικής πολιτιστικής σημασίας:
α) Η δεύτερη φάση ανάδειξης του επισκέψιμου πλέον χώρου στην Καρθαία, που περιλαμβάνει την ανασκαφή και ανάδειξη του αρχαίου θεάτρου της πόλης, τη στερέωση του ετοιμόρροπου αναλήμματος πάνω στο οποίο στέκεται ο αρχαϊκός ναός του Απόλλωνα και την ολοκλήρωση της ανάδειξης του προπύλου που οδηγεί στην ακρόπολη, και
β) Η στερέωση, συντήρηση και ανάδειξη του υστεροκλασικού πύργου στην Αγ. Μαρίνα. Οι κύριοι συντελεστές της προσπάθειας παραμένουν οι ίδιοι, αφού αποδείχτηκαν μια εξαιρετικά αξιόμαχη και αποτελεσματική ομάδα, ενισχύθηκαν όμως με μηχανικούς και συντηρητές δοκιμασμένης αξίας. Η χρηματοδότηση για την Καρθαία ανέρχεται σε 900.000 € και για τον πύργο της Αγ. Μαρίνας σε 1.200.000 €. Στο τελευταίο ποσό για τον Πύργο θα πρέπει να προστεθούν 37.000 € που προσφέρει η Ελληνική Εταιρεία Περιβάλλοντος και Πολιτισμού, ως συμβολή του ιδιωτικού τομέα στην προσπάθεια σωτηρίας του μνημείου.
Η δυσχέρεια πρόσβασης στην Καρθαία, συντελεί στη διατήρηση του παρθένου περιβάλλοντος και ενισχύει την ακαταμάχητη γοητεία που ασκεί ο χώρος στους επισκέπτες, όμως δεν παύει να αποτελεί καθημερινή δοκιμασία για όσους εργάζονται εκεί, καθώς όχι μόνο το προσωπικό αλλά και τα υλικά ή τα εργαλεία πρέπει να φθάνουν στην αρχαία πόλη με τις παραδοσιακές μεθόδους, στα χέρια ή με ζώα. Οι συντελεστές του έργου εξαντλούν όλη τους την εφευρετικότητα προκειμένου να αντιμετωπίζουν και να ξεπερνούν τα συνεχώς αναφυόμενα προβλήματα, ιδιαίτερα όταν παρίσταται ανάγκη μεταφοράς ή ανέλκυσης υπερβολικά βαρέων μηχανημάτων ή αναστηλωτικού υλικού στο ύψωμα της ακρόπολης. Για το λόγο αυτό χρησιμοποιήθηκαν μέθοδοι, που έχουν ήδη καταγραφεί ως δόκιμη τεχνογνωσία για τη συντήρηση/ανάδειξη μνημείων σε δύσβατους αρχαιολογικούς χώρους.
Οι τεχνικές δυσκολίες και ο κίνδυνος που αντιμετωπίζουν όλοι όσοι εμπλέκονται στο έργο της αποκατάστασης του Πύργου της Αγίας Μαρίνας είναι πολλές και απαιτούν ιδιαίτερη γνώση και εξειδίκευση. Πρόκειται για ένα καταπληκτικό μνημείο, έναν τετράπλευρο πύργο του 4ου αιώνα π.Χ., τμήμα του οποίου στέκεται ακόμα στο αρχικό ύψος των 20 μέτρων. Το αρχαίο οικοδόμημα ενσωματώθηκε κατά τον 16ο αι. στον περίβολο της μεταβυζαντινής μονής της Αγ. Μαρίνας και μέχρι τα μέσα του 19ου αι. σωζόταν ακέραιο, με τη στέγη και τον περιμετρικό εξώστη του, διαφυλάσσοντας στοιχεία αρχαίας αρχιτεκτονικής που σώζονται μόνο στο συγκεκριμένο μνημείο. Μετά από την οριστική εγκατάλειψη της μονής άρχισε η σταδιακή κατάρρευση του αρχαίου πύργου, η οποία, δυστυχώς, επιταχύνθηκε και επιδεινώθηκε δραματικά κατά τα τελευταία χρόνια, οδηγώντας το μνημείο σε οριακή στατική ισορροπία. Ο κίνδυνος ολικής κατάρρευσης ήταν άμεσος και η επικινδυνότητα του οικοδομήματος τέτοια που η αρμόδια αρχαιολογική εφορεία απαγόρευε κατά τα τελευταία χρόνια την προσέγγιση στη μονή.
Ήταν προφανές ότι η Επιστημονική Επιτροπή του έργου όφειλε να αναλάβει αγώνα δρόμου ενάντια στον χρόνο, προκειμένου να αντιμετωπισθούν οι ατελείωτες απαιτήσεις της γραφειοκρατίας και να ξεπεραστούν τα πιο απίθανα και απρόβλεπτα εμπόδια, ώστε να εφαρμοσθεί η εξειδικευμένη μελέτη στήριξης του μνημείου, πριν συμβούν κι άλλες καταρρεύσεις. Τη μελέτη στήριξης είχε εκπονήσει το 2009 ο πολιτικός μηχανικός δρ Κ. Ζάμπας σε συνεργασία με τους Γερ. Θωμά και Ειρ. Δουδούμη και είχε χρηματοδοτήσει η Ελληνική Εταιρεία Περιβάλλοντος και Πολιτισμού.
Το επιστημονικό και τεχνικό προσωπικό του έργου, αψηφώντας τον κίνδυνο και μη φειδόμενο τον κόπο εφάρμοσε ταχύτατα και με απόλυτη ακρίβεια τη μελέτη στήριξης, υπό την επίβλεψη του κ. Ζάμπα. Ελάχιστες επεμβάσεις απομένει να γίνουν ακόμη, ώστε να παραδοθεί η πρώτη φάση που προβλέπει το τεχνικό δελτίου του έργου και αφορά στη στήριξη του μνημείου. Σήμερα ο πύργος στην Αγ. Μαρίνα στέκεται ντυμένος την «ατσάλινη πανοπλία» που θα του εξασφαλίσει τον απαραίτητο χρόνο ζωής, έως ότου ολοκληρωθεί η επίπονη και χρονοβόρα διαδικασία της εκπόνησης και εφαρμογής της οριστικής μελέτης στερέωσης και ανάδειξής του. Στόχος του ΥΠΠΟΤ είναι ο Πύργος να αποδοθεί στο κοινό περήφανος και επιβλητικός όπως στο παρελθόν, χωρίς να κινδυνεύει ο ίδιος και οι επισκέπτες του.