Το νησί πήρε το όνομά του από τη νύμφη Σαλαμίνα, μία από τις είκοσι κόρες του θεού–ποταμού Ασωπού σύμφωνα με τη μυθολογική παράδοση. Από την ένωση της νύμφης με τον Ποσειδώνα γεννήθηκε ο πρώτος βασιλιάς της Σαλαμίνας, ο Κυχρεύς, ο οποίος απεικονιζόταν ως χθόνια μορφή, μισός άνθρωπος, μισός φίδι. Θεωρείτο προστάτης–ήρωας του νησιού, επειδή με την εμφάνισή του κατά τη Ναυμαχία της Σαλαμίνας συνέβαλε στη θετική έκβασή της. Την κόρη του Κυχρέα, Γλαύκη, νυμφεύθηκε ο Τελαμώνας, γιος του Αιακού.
Γιος του Δία και της νύμφης Αίγινας, ο Αιακός, λόγω της σωφροσύνης και της υψηλής αίσθησης δικαίου που τον χαρακτήριζαν, χρίστηκε μαζί με τον Μίνωα και τον Ραδάμανθυ κριτής των ψυχών στον Άδη, όπως πρώτος αναφέρει ο Πλάτωνας.
Κατά την παράδοση ο Αιακός συνεργάστηκε με τον Ποσειδώνα και τον Απόλλωνα για την ανοικοδόμηση των τειχών της Τροίας, μπροστά από τα οποία πολέμησαν ο γιος του Τελαμώνας και ο εγγονός του Αίαντας.
Από το γένος των Αιακιδών κατάγονταν ο Πηλέας (γιος του Αιακού), ο Αχιλλέας, ο Νεοπτόλεμος και οι βασιλιάδες της Ηπείρου, Περσέας και Πύρρος.
Ο Τελαμώνας είχε λάβει μέρος στην Αργοναυτική Εκστρατεία και στη μάχη εναντίον των Αμαζόνων. Συνεργάστηκε με τον Ηρακλή και πρωταγωνίστησε στην αρπαγή των αλόγων του βασιλιά της Τροίας Λαομέδοντα. Η ίδρυση της λατρείας του Τελαμώνα στην Αίγινα και τη Σαλαμίνα δεν είναι παρά η φυσική συνέπεια των ηρωικών πράξεών του, χάρη στις οποίες άλλωστε είχε εξασφαλίσει και τη διαδοχή του στο θρόνο του Κυχρέα. Κατά τους μεταγενέστερους χρόνους, ο Τελαμώνας παριστάνεται στην αγγειογραφία είτε ως απελευθερωτής της Τροίας είτε να αποχαιρετά τον Αίαντα που αναχωρεί με τους άλλους Αχαιούς για την Τρωική Εκστρατεία.
Μητέρα του Αίαντα ήταν η Ερίβοια ή Περίβοια, κόρη του βασιλιά των Μεγάρων Αλκάθου και εγγονή του Πέλοπα. Όταν η Περίβοια γέννησε τον Αίαντα, ο Δίας έστειλε θεϊκό σημάδι. Στον ουρανό εμφανίστηκε ένας αετός, σύμβολο δύναμης, εξουσίας και υπερηφάνειας. Ο ορμητικός Αίαντας οφείλει πιθανόν το όνομά του σε αυτόν τον αετό (το ουσιαστικό «αετός» προέρχεται από το ρήμα της αρχαίας ελληνικής «αΐσσω», που σημαίνει ορμώ).
Ο Αίαντας, «έρκος Αχαιών» κατά την ομηρική διατύπωση, πρωτοστάτησε στη δεκαετή πολιορκία της Τροίας εμψυχώνοντας τους Αχαιούς, επιδεικνύοντας μια γενναιότητα στην οποία μόνο ο Αχιλλέας τον ξεπερνούσε. Όταν ο Αχιλλέας αποσύρεται από τη μάχη, το έπος της Ιλιάδας γεμίζει με εικόνες ανδρείας του Σαλαμίνιου βασιλιά. Ήταν εκείνος που προστάτεψε τα νεκρά σώματα του Πάτροκλου και του Αχιλλέα από τους Τρώες, εκείνος που έσωσε τα πλοία των Αχαιών από βέβαιη πυρπόληση, εκείνος που μονομάχησε με τον Έκτορα και υπερίσχυσε. Τα δώρα που αντάλλαξαν μετά τη μονομαχία υπήρξαν μοιραία και για τους δύο. Ο Αίαντας δώρισε στον Έκτορα τη ζώνη του. Όταν ο Αχιλλέας σκοτώνει τον Έκτορα για να εκδικηθεί το θάνατο του Πάτροκλου, σκυλεύει τον νεκρό και με αυτή τη ζώνη δένει το κορμί του στο άρμα του. Ο Έκτορας χάρισε στον Αίαντα το σπαθί με το οποίο εκείνος θα αφαιρέσει τη ζωή του νιώθοντας αδικημένος λόγω της απονομής των όπλων του Αχιλλέα στον Οδυσσέα – καθώς θεώρησε ότι με αυτό τον τρόπο οι Αχαιοί επιβράβευσαν τη δολιότητα και όχι την ανδρεία. Η αυτοκτονία του Αίαντα στο Ίλιον αποτελεί τη γνωστότερη πράξη αυτοχειρίας στην αρχαιότητα, ενώ έχει απεικονιστεί στην κλασική αγγειογραφία αλλά και σε πίνακες ζωγραφικής μεταγενέστερων χρόνων. Μάλιστα έχει ερμηνευθεί από την επιστήμη της ψυχιατρικής ως πράξη του κώδικα τιμής από την πλευρά του πολεμιστή-ήρωα της ομηρικής εποχής (κάτι ανάλογο με το χαρακίρι των Ιαπώνων πολεμιστών). Στο έργο του Αίας, ο Σοφοκλής παρουσιάζει τον Αίαντα ανθρώπινο, απογυμνωμένο από την ομηρική ηρωική πανοπλία. Από την τριλογία του Αισχύλου Όπλων Κρίσις, Θρήισσαι και Σαλαμίνιαι σώζονται λίγα αποσπάσματα. Ο Αίαντας σύμφωνα με την παράδοση τάφηκε στο Ροίτειο της Τρωάδας. Στη Σαλαμίνα τού αποδίδονταν τιμές ήρωα κατά τον εορτασμό των Αιαντείων, τα οποία μεταφέρθηκαν στην Αθήνα την περίοδο του Πεισίστρατου και του Κλεισθένη και περιλάμβαναν θυσίες, αγώνες εφήβων, πομπή, λαμπαδηδρομίες και κωπηλατικούς αγώνες.
Στη διάρκεια της πολύχρονης πολιορκίας της Τροίας, ο Αίαντας έσμιξε με την Τέκμησσα, κόρη του βασιλιά της Φρυγίας Τελεύτα. Γεννήθηκε ο Ευρυσάκης που, αφού ανέλαβε τη βασιλεία της Σαλαμίνας, έπειτα από το διωγμό του Τεύκρου (αδελφού του Αίαντα) και το θάνατο του Τελαμώνα, ως νόμιμος κληρονόμος παρέδωσε με τον γιο του Φίλαιο το νησί στους Αθηναίους, οι οποίοι σε αντάλλαγμα τους παραχώρησαν το προνόμιο του Αθηναίου πολίτη. Την παράδοση της Σαλαμίνας στους Αθηναίους υπενθύμισε ο Σόλωνας αρκετούς αιώνες αργότερα, το 594 π.Χ., προκειμένου να αφυπνίσει τους εφησυχασμένους συμπολίτες του, ώστε να πάρουν τα όπλα και να διεκδικήσουν από τους Μεγαρείς το νησί. Η Σαλαμίνα θα συνεχίσει να αποτελεί μήλον της έριδος για πολλά ακόμα χρόνια.
Από το γένος του Ευρυσάκη κατάγονταν σημαντικοί πολίτες της αθηναϊκής κοινωνίας, ανάμεσά τους ο Μιλτιάδης, ο Κίμωνας, ο Αλκιβιάδης και ο Θουκυδίδης, ενώ μία από τις δέκα φυλές της Αθήνας ονομαζόταν Αιαντίς. Ο καθηγητής αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών Α. Αρβανιτόπουλος είχε αναφέρει την ίδρυση ιερού προς τιμήν του Ευρυσάκη στην Αθήνα, το Ευρυσάκειον, και άλσος με βωμό στον Αγοραίο Κολωνό.
Ο Αντώνιος Χ. Χατζής το 1930 κατέγραψε τα αρχαία ονόματα της Σαλαμίνας: «Λαβών αφορμήν εκ θερινής διαμονής εν Σαλαμίνι τω 1906 ησχολήθην περί τας αρχαίας ονομασίας της νήσου. Τη νήσω Σαλαμίνι αποδίδονται τα εξής ονόματα: 1) Σαλαμίς, 2) Κούλουρις ή ορθότερον Κόλουρις (ως θα δειχθή κατωτέρω), 3) Κυχρεία, 4) Σκιράς, 5) Πιτυούσσα, 6) Ιαονία, 7) Πελάνα, 8) Ελαιούσσα, 9) Υδρούσσα, 10) Ελευσίς, 11) νήσος Δράκοντος».
Η πρωιμότερη παρουσία ανθρώπινης δραστηριότητας στο νησί ανάγεται στη Νεότερη Νεολιθική περίοδο (5300–4500 π.Χ.). Επιφανειακές έρευνες έχουν φέρει στο φως κατάλοιπα νεολιθικών εγκαταστάσεων κυρίως στο νότιο και νοτιοδυτικό τμήμα του νησιού, στις θέσεις Άγιος Νικόλαος στα Λεμόνια, Γκίνανι, Κανάκια, αλλά και στο βορειοανατολικό τμήμα, στη θέση Μαγούλα Κυνόσουρας.
Μόνο το Σπήλαιο του Ευριπίδη στα Περιστέρια έχει διερευνηθεί συστηματικά, από την ανασκαφική ομάδα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Ήρθαν στο φως κεραμικά ευρήματα, ένα ασημένιο περίαπτο, ένα λίθινο ειδώλιο («νύμφη Σαλαμίς»), καθώς και ένα ειδώλιο ημιτελές. Τα ευρήματα συνηγορούν υπέρ της λατρευτικής χρήσης του σπηλαίου.
Οικιστικά κατάλοιπα της Πρωτοελλαδικής περιόδου (3200–2000 π.Χ.) έχουν εντοπιστεί στα ακρωτήρια Μερτζάνι στο Μαρούδι και Κόγχη στις Κολώνες, στο νότιο τμήμα του νησιού που βλέπει προς την Αίγινα. Τα ακρωτήρια αποτελούσαν χαρακτηριστικές θέσεις εγκατάστασης των πληθυσμών κατά τους πρωτοελλαδικούς χρόνους. Η επιλογή τους εξασφάλιζε την άμεση πρόσβαση στη θάλασσα, βασική προϋπόθεση για την ανάπτυξη του εμπορίου και της αλιείας, και την παράλληλη σχετική προστασία από πιθανές επιδρομές και επιθέσεις. Οικισμοί αυτής της περιόδου φαίνεται ότι είχαν αναπτυχθεί και στον Άγιο Νικόλαο στα Λεμόνια, στη Μυκηναϊκή Ακρόπολη των Κανακίων, αλλά και στις θέσεις Πέτρα Καλογήρου στο Μπατσί και Μαγούλα Κυνόσουρας (Τύμβος Σαλαμινομάχων). Οι εν λόγω θέσεις εντοπίστηκαν σε επιφανειακές έρευνες.
Κατάλοιπα της Μεσοελλαδικής περιόδου (2000–1550 π.Χ.), μιας περιόδου «σκοτεινής», με λιγοστές πληροφορίες, εντοπίζονται στη Σαλαμίνα σε αρκετές θέσεις, με σημαντικά ευρήματα που φωτίζουν τον τρόπο ζωής των ανθρώπων εκείνης της εποχής.
Στη νότια Σαλαμίνα, στη θέση Σκλάβος, σε ύψωμα πάνω από τον όρμο Μαρούδι, εντοπίστηκαν κατόπιν επιφανειακής έρευνας ακρόπολη και αρχιτεκτονικά κατάλοιπα επτά αναλημματικών τοίχων που περιτρέχουν τη βορειοδυτική και τη δυτική πλευρά.
Η αποκάλυψη πήλινων αγγείων εισηγμένων από τη γειτονική Αίγινα αποδεικνύει τη σχέση των κατοίκων του Σκλάβου με τους κατοίκους του οικισμού της Κολώνας.
Ευρήματα της Μεσοελλαδικής περιόδου έχουν επίσης εντοπιστεί στη Μυκηναϊκή Ακρόπολη των Κανακίων, στο Πυργιακόνι και στη συνοικία Κάστρο στο κέντρο της πόλης της Σαλαμίνας, όπου σωστική ανασκαφή της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πειραιώς και Νήσων αποκάλυψε ταφές αυτής της περιόδου με σημαντικά κινητά ευρήματα.
Κατά τη Μυκηναϊκή περίοδο (1550–1150 π.Χ.) δύο σημαντικά πολίσματα είχαν αναπτυχθεί: το ένα στο νοτιοδυτικό τμήμα του νησιού, στα Κανάκια, και το άλλο στο κέντρο της πόλης της Κούλουρης. Στα Κανάκια τα τελευταία 18 χρόνια η ανασκαφική ομάδα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, υπό τη διεύθυνση του καθ. Προϊστορικής Αρχαιολογίας Γιάννου Λώλου, συνεχίζει να αποκαλύπτει τον οικιστικό ιστό που εκτείνεται σε παράλιο έξαρμα, συνολικής έκτασης 45 στρεμμάτων. Έχουν αποκαλυφθεί οικίες, βιοτεχνικά κτήρια, ανακτορικό συγκρότημα με δίδυμο μέγαρο και πλήθος κεραμικών και λίθινων αντικειμένων.
Πολυάριθμα ευρήματα έχουν έρθει στο φως από το νεκροταφείο της Αγίας Κυριακής στο κέντρο της πόλης της Σαλαμίνας. Προέρχονται από συστάδες θαλαμοειδών τάφων που αποκαλύφθηκαν κατά τις ανασκαφές των ετών 1965, 1995, 2008 και προσφάτως, το 2017, από τις σωστικές ανασκαφές της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πειραιά και Νήσων. Κατά τη διάρκεια της τελευταίας δεκαετίας, εξαιτίας των δημοσίων έργων, έχει αποκαλυφθεί από την Τριανταφυλλιά Κάττουλα, υπεύθυνη αρχαιολόγο για το νησί, και ο οικισμός στο κέντρο της πόλης της Σαλαμίνας.
Για τη μεταβατική περίοδο της Υπομυκηναϊκής εποχής (1150–1050 π.Χ.), όταν ο υπόλοιπος ελλαδικός χώρος σχεδόν σιωπά, η Σαλαμίνα παρέχει ενδιαφέροντα στοιχεία. Στην περιοχή Αράπη, κοντά στην πύλη του Πολεμικού Ναυστάθμου, ο Π. Καββαδίας ανέσκαψε εκτεταμένο νεκροταφείο κιβωτιόσχημων τάφων στα τέλη του 19ου αιώνα. Συνολικά ερευνήθηκαν εκατό και πλέον ταφές, οργανωμένες σε επτά παράλληλες σειρές.
Για τους γεωμετρικούς χρόνους (900–700 π.Χ.) έχουμε πλούτο ευρημάτων από τα νεκροταφεία τα οποία έχουν εντοπιστεί σε διάφορες θέσεις, κυρίως στην πόλη της Σαλαμίνας αλλά τα τελευταία χρόνια και στα Αμπελάκια, στη βορειοανατολική πλευρά του νησιού, στο σημείο που αντικρίζει το λιμάνι του Πειραιά. Με την αποκάλυψη εκτεταμένων νεκροταφείων και αρχιτεκτονικών μελών αποδεικνύεται η ύπαρξη μιας ιδιαίτερα ανεπτυγμένης κοινωνίας της Γεωμετρικής περιόδου.
Λιγοστές είναι οι πληροφορίες από την Αρχαϊκή περίοδο (700–480 π.Χ.) και πενιχρές οι αρχαιολογικές μαρτυρίες. Οι ιστορικές πηγές αναφέρουν τη διαμάχη που είχε ξεσπάσει μεταξύ των Αθηναίων και των Μεγαρέων για την κατοχή του νησιού, εξαιτίας της έλλειψης καλλιεργήσιμων γαιών. Αρχικά νικητές ήταν οι Μεγαρείς, όπως και παρέμειναν έως τα τέλη του 7ου αιώνα π.Χ. Στη συνέχεια ενεπλάκησαν σε έναν σκληρό και μακροχρόνιο πόλεμο με τους Αθηναίους και υπέστησαν σοβαρές απώλειες.
Ο Πλούταρχος αναφέρει ότι οι Αθηναίοι εξαντλημένοι από αυτή τη διαμάχη αποσύρθηκαν. Είχαν μάλιστα απαγορεύσει επί ποινή θανάτου την αναφορά του ονόματος της Σαλαμίνας, έως ότου ο Σόλωνας, θέλοντας να βοηθήσει την πόλη και τους συνδημότες του που είχαν καταστραφεί οικονομικά από τη μη προσάρτηση νέων καλλιεργήσιμων εδαφών, προσποιήθηκε τον τρελό και απήγγειλε στην Αγορά των Αθηνών το ποίημα «Σαλαμίς», ώστε να τονώσει το ηθικό των συμπολιτών του για να κηρύξουν εκ νέου πόλεμο στους Μεγαρείς, όπως και έγινε.
Μετά την προσάρτηση της Σαλαμίνας στην πόλη των Αθηνών κατά τους κλασικούς χρόνους (490–323 π.Χ.), οι Μεγαρείς κληρούχοι απομακρύνθηκαν από το νησί και αντικαταστάθηκαν από Αθηναίους.
Οι τελευταίες έρευνες αποκάλυψαν ότι κατά τους γεωμετρικούς χρόνους το ισχυρότερο πόλισμα ήταν στο κέντρο της σύγχρονης πόλης της Σαλαμίνας (σημερινή Κούλουρη). Κατά την Κλασική περίοδο η πρωτεύουσα του νησιού μεταφέρθηκε στα Αμπελάκια, στο βορειοανατολικό τμήμα, λόγω της εγγύτητας με την Αθήνα και τον Πειραιά, πόλεις με μεγάλη οικονομική και εμπορική άνθηση τη συγκεκριμένη περίοδο. Η οικονομική αυτή άνθηση αντικατοπτρίζεται και στη Σαλαμίνα, όπως αποδεικνύει το κλασικό νεκροταφείο, πλούσιο σε επιτύμβιες στήλες. Οι διενεργούμενες από την αρμόδια Εφορεία Αρχαιοτήτων σωστικές ανασκαφές έχουν αποκαλύψει τα τελευταία τριάντα χρόνια την αγορά της πόλης, οικίες, συνοικίες με εργαστήρια, ιερά, καθώς και μεγάλο τμήμα του τείχους της πόλης. Σε μικρή απόσταση από αυτήν ο Τύμβος των Σαλαμινομάχων στην Κυνόσουρα διατηρεί άσβεστη την ανάμνηση της περιώνυμης Ναυμαχίας που εκτυλίχθηκε στα στενά του νησιού και κατέληξε στην πανωλεθρία του περσικού στόλου.
Αν και ο Κλεισθένης δεν συμπεριέλαβε το νησί στο μεταρρυθμιστικό του έργο, ούτε αυτό αναγορεύτηκε επισήμως αττικός δήμος, οι Αθηναίοι πολίτες της Σαλαμίνας ανήκαν σε μια αναγνωρισμένη τοπική κοινότητα γνωστή ως «Αθηναίων ο δήμος ο εν Σαλαμίνι». Την κοινότητα της Σαλαμίνας διοικούσε ένας κληρωτός άρχοντας, ο οποίος λάμβανε μισθό μίας δραχμής από την πολιτεία. Την πληροφορία δίνει ο Αριστοτέλης στην Αθηναίων Πολιτεία παραθέτοντας και τις αρμοδιότητές του: την απονομή της δεκάτης στο ιερό της Δήμητρας στην Ελευσίνα, τη διοργάνωση των Κατ’ Αγρούς Διονυσίων και την εξασφάλιση χορηγιών, την κατανομή των ιδιοκτησιών, την επιβολή προστίμου για παράνομη μίσθωση περιουσιών και τον έλεγχο του οπλισμού του στρατεύσιμου πληθυσμού του νησιού.
Η οικονομία της Σαλαμίνας βασιζόταν κυρίως στη γεωργία, την αμπελουργία και τη μελισσοκομία. Ο Ευριπίδης χαρακτηρίζει τη νήσο «ευάμπελον» και «μελισσοτρόφον», ενώ ο εντοπισμός αρχαίων ελαιοτριβείων πιστοποιεί την ενασχόληση των κατοίκων με την καλλιέργεια της ελιάς.
Το εμπόριο αποτέλεσε σημαντικό παράγοντα ανάπτυξης του νησιού χάρη στη μικρή απόστασή του από το ακμάζον λιμάνι του Πειραιά.
Η περσική επίθεση δεν άγγιξε τη Σαλαμίνα. Γι’ αυτό το λόγο το 480–479 π.Χ. εγκαταστάθηκε στο νησί αθηναϊκή διοίκηση, καθώς και μεγάλος αριθμός προσφύγων, με αποτέλεσμα να δημιουργηθούν νέες καλλιεργήσιμες εκτάσεις.
Κατά τον Πελοποννησιακό Πόλεμο (431–404 π.Χ.) οι Αθηναίοι είχαν κατασκευάσει οχυρό στο Βούδορον, στη χερσόνησο της Φανερωμένης, απέναντι από τη Μεγαρίδα, με σκοπό τον έλεγχο των στενών, ενώ για τη συνολική προστασία του νησιού είχαν στείλει επιπλέον τρεις αθηναϊκές τριήρεις.
Η ήττα των Αθηναίων και η επιβολή του τυραννικού καθεστώτος των Τριάκοντα είχαν ως αποτέλεσμα τη θανάτωση πολυάριθμων πολιτών της Σαλαμίνας. Η σφοδρότατη κατασταλτική επίθεση οφειλόταν κυρίως, όπως υπογραμμίζει η M. Taylor, στο ενδεχόμενο να έκρυβαν οι Σαλαμίνιοι ομάδες δημοκρατικών-επαναστατών Αθηναίων εντός των τειχών της πόλης τους. Σε αυτό το κλίμα, ο ίδιος ο Σωκράτης είχε σταλεί στη Σαλαμίνα με εντολή να συλλάβει το συμπολίτη του Λέοντα.
Τον 4ο αιώνα π.Χ. κυκλοφόρησε χάλκινο νόμισμα με τα σύμβολα του νησιού, που πιθανότατα προερχόταν από την πόλη των Αθηνών. Στον εμπροσθότυπο φέρει την κεφαλή της νύμφης Σαλαμίνος και στον οπισθότυπο ξίφος με τελαμώνα, ασπίδα και την επιγραφή ΣΑΛΑ.
Κατά την Ελληνιστική εποχή η Σαλαμίνα ακολούθησε ίδια πορεία με την Αθήνα. Δέχτηκε τις επιθέσεις των διαδόχων του Μ. Αλεξάνδρου, ώσπου κατακτήθηκε τελικά από τον Κάσσανδρο το 318 π.Χ.
Ο Δημήτριος ο Πολιορκητής, εφαρμόζοντας την πολιτική του Κάσσανδρου, διοίκησε τυραννικά το νησί, στο οποίο η μακεδονική φρουρά παρέμεινε εγκατεστημένη τουλάχιστον μέχρι το 307 π.Χ.
Όπως μας πληροφορεί ο Παυσανίας, οι Αθηναίοι τιμώρησαν τους Σαλαμίνιους με εξορία κατηγορώντας τους ότι είχαν παραδώσει οικειοθελώς το νησί στον Κάσσανδρο. Ωστόσο, η κατηγορία ίσχυε μόνο για τους φιλομακεδόνες και όχι για το σύνολο του πληθυσμού.
Υπό την πίεση των βαρβαρικών επιθέσεων, το 227 π.Χ. ο διοικητής της μακεδονικής φρουράς της Αττικής αποφάσισε να αποχωρήσει με αντάλλαγμα το ποσό των 150 ταλάντων. Η αμοιβή δόθηκε και η Σαλαμίνα ενώθηκε ξανά με την Αθήνα.
Η Σαλαμίνα έμεινε προσδεδεμένη στην πόλη των Αθηνών κατά την παρακμιακή πορεία των επερχόμενων αιώνων της Ρωμαϊκής περιόδου. Ο εμπρησμός της Αθήνας από τον Σύλλα το 86 π.Χ. δεν είχε άμεσο αντίκτυπο στο νησί. Ωστόσο, η επακόλουθη αλλαγή των εμπορικών σταθμών και η άνθηση της πειρατείας οδήγησαν στην πτώση της κίνησης στο λιμάνι του Πειραιά και, κατ’ επέκταση, της Σαλαμίνας. Ο Παυσανίας στα μέσα του 2ου αιώνα μ.Χ. τη βρίσκει έρημη. Καταγράφει τα ερείπια της αγοράς, το ναό του Αίαντα με το άγαλμά του από ξύλο εβένου, το ναό της Αρτέμιδος, το ναό του Κυχρέα, και ένα τρόπαιο προς τιμήν της νίκης στη Ναυμαχία.
Η Ναυμαχία, ο Αίαντας, ο Ευριπίδης: Χάρη στη φήμη της, η Σαλαμίνα κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους αποτέλεσε πόλο έλξης επισκεπτών και περιηγητών. Ο νεαρός Ρωμαίος ποιητής Aulus Gellius στο έργο του Noctes Atticae αναφέρει ότι όταν επισκέφθηκε το σπήλαιο–ησυχαστήριο του ποιητή, το βρήκε διαμορφωμένο σε χώρο προσκυνήματος του τραγωδού.
Η καταστρεπτική, βαρβαρική επέλαση των Ερούλων στην Αττική το 267 μ.Χ. δεν άφησε ανεπηρέαστη τη Σαλαμίνα.
Από την Παλαιοχριστιανική περίοδο οι αρχαιολόγοι έχουν εντοπίσει αρχιτεκτονικά κατάλοιπα οικημάτων, ενώ ο Σαλαμίνιος καθηγητής Βυζαντινολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, Δ. Πάλλας, είχε καταγράψει ναΰδρια μεσοβυζαντινών χρόνων σε όλο το νησί.
Οι αρχαιολογικές έρευνες που έχουν διενεργηθεί στη Σαλαμίνα είναι τόσο σωστικού όσο και συστηματικού χαρακτήρα. Ξεκινούν με τον Σλήμαν το 1883 που στράφηκε στις νησίδες στο βόρειο τμήμα του Στενού της Σαλαμίνας. Ακολούθησαν ο Χ. Τσούντας το 1884 στο Στενό της Σαλαμίνας και ο Π. Καββαδίας το 1896 στην περιοχή του Ναυστάθμου όπου αποκαλύφθηκε πλειάδα τάφων του 11ου αιώνα π.Χ. Ο Α. Κεραμόπουλλος επικεντρώθηκε στο βόρειο τμήμα του τείχους της Κλασικής περιόδου, ο Ευθ. Μαστροκώστας το 1958 στη θέση Χαλιώτη στα νότια του νησιού και στη θέση Καμίνια στα Αμπελάκια. Ο Β. Πετράκος το 1960 και ο Κ. Δαβάρας το 1964 ανέσκαψαν το γνωστό εκτεταμένο μυκηναϊκό νεκροταφείο της Αγίας Κυριακής στα νοτιοανατολικά της πόλης της Σαλαμίνας. Οι ανασκαφές συνεχίστηκαν από τις αρχαιολόγους της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ι. Δεκουλάκου, Μ. Πωλογιώργη και, τα τελευταία 14 χρόνια, από την Τ. Κάττουλα. Στο νότιο τμήμα του νησιού εργάζεται από το 1994 έως σήμερα η ανασκαφική ομάδα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων υπό τη διεύθυνση του καθ. Γ. Λώλου. Έχοντας εντοπίσει αρχικά το Σπήλαιο του Ευριπίδη και το Ιερό του Διονύσου, συνεχίζει την αποκάλυψη της Μυκηναϊκής Ακρόπολης των Κανακίων. Τα τελευταία δύο χρόνια το Ινστιτούτο Εναλίων Αρχαιοτήτων διεξάγει έρευνα στον όρμο του Αμπελακίου, καταγράφοντας τις εγκαταστάσεις του αρχαίου λιμένα.
Τέλος, το Φινλανδικό Ινστιτούτο Αθηνών το 2016 πραγματοποίησε επιφανειακή έρευνα και χαρτογράφηση της αρχαίας πόλης της Κλασικής περιόδου στα Αμπελάκια.
Πρόσβαση: Στη Σαλαμίνα μπορεί να φτάσει κανείς με πλοιάριο ή φέρι μποτ από το λιμάνι του Πειραιά, από το Πέραμα του Πειραιά ή από το Πέραμα της Μεγαρίδας.