Τομέας 1ος | Παλαιολιθική – Νεολιθική εποχή, Εποχή του Χαλκού.
Το ταξίδι του επισκέπτη στην εξέλιξη της Ελληνικής Εμπορικής Ναυτιλίας στο πέρασμα των αιώνων, ξεκινάει από τον πρώτο τομέα που χρονολογικά βρισκόμαστε πριν 2,5 εκατομμύρια χρόνια περίπου έως στο 10000 π.Χ, βλέποντας ομοιώματα πλοίων και ζωγραφικούς πίνακες με πλοία της εποχής.
Το πρώτο έκθεμα του τομέα είναι ο κορμός, ο οποίος αποτελεί και το πρώτο ναυπήγημα του ανθρώπου.
Στη συνέχεια συναντάμε το αιγαιοπελαγίτικο πλοιάριο, την πεντηκοντόρο που πήρε το όνομά της από τα πενήντα κουπιά της, τη Διήρης που κατασκευάστηκε από τους Ερυθραίους, την Τριήρης που ήταν πλοίο του 704 π.Χ, αλλά και τον ολκά (πλοίο Κυρήνειας) που ήταν ένα καθαρά μεταγωγικό πλοίο της εποχής.
Επίσης στο κέντρο του πρώτου τομέα υπάρχει ένας μεγάλος και τέσσερις οξυπύθμενοι αμφορείς.