Στην αίθουσα Α δεσπόζουν τα δύο τέμπλα του ναού του Παντοκράτορα (1683) και του ναού του Αγίου Δημητρίου του Κόλα (1690).
Στο τέμπλο του ναού του Παντοκράτορα οι περισσότερες εικόνες του Δωδεκαόρτου έχουν αποδοθεί στο ζωγράφο Βίκτωρα (17ος αι.). Ο Βίκτωρ υπογράφει επίσης τη Μεταμόρφωση (1670) και το Χριστό Μέγα Αρχιερέα (γ΄ τέταρτο 17ου αι.) από τις δεσποτικές εικόνες και σε αυτόν αποδίδεται η παράσταση “Ίδε ο Άνθρωπος” στη θύρα της Ωραίας Πύλης.
Στο τέμπλο του ναού του Αγίου Δημητρίου του Κόλα η Θεοτόκος Οδηγήτρια από τις δεσποτικές εικόνες χρονολογείται το α΄ μισό του 16ου αι., ενώ ο Χριστός Παντοκράτορας, ενυπόγραφο έργο του Μιχαήλ Δαμασκηνού, χρονολογείται το β΄ μισό του 16ου αι.
Στο μεγάλο κρητικό ζωγράφο Μιχαήλ Δαμασκηνό αποδίδεται και το βημόθυρο με τον άγιο Αντώνιο από το ναό του Αγίου Κωνσταντίνου των Κήπων (β΄ μισό 16ου αι.).
Στην ίδια αίθουσα αντιπροσωπεύονται με έργα τους δύο ακόμη σπουδαίοι εκπρόσωποι της Κρητικής Σχολής, ο ζωγράφος Άγγελος με την Παναγία Γλυκοφιλούσα ή Καρδιώτισσα (μέσα 15ου αι.) και ο ζωγράφος Γεώργιος Κλόντζας με την Παναγία Βρεφοκρατούσα Ένθρονη (β΄ μισό 16ου αι.), που φέρει την υπογραφή του.
