Η θρησκευτική παιδεία στο Βυζάντιο, οργανωμένη από την Εκκλησία, ήταν σαφώς διαχωρισμένη από την κοσμική παιδεία που στηριζόταν στις κλασικές σπουδές.
Σχολεία πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης υπήρχαν και στις επαρχίες αλλά τα παιδιά της ανώτερης κοινωνικής τάξης είχαν ιδιωτικούς δασκάλους. Στο σχολείο τα παιδιά διδάσκονταν γραμματική, δηλαδή γραφή και ανάγνωση, και αργότερα σύνταξη και εισαγωγή στους κλασικούς συγγραφείς. Στην εφηβεία, διδάσκονταν ρητορική, δηλαδή προφορά, απαγγελία και μελέτη των κλασικών και τέλος φιλοσοφία, επιστήμες και τις τέσσερις τέχνες: αριθμητική, γεωμετρία, μουσική, αστρονομία. Η κλασική παιδεία απουσιάζει μόνο από τις σχολές των μοναστηριών. Γύρω στον 7ο αιώνα ιδρύθηκε στην Κωνσταντινούπολη η Πατριαρχική Σχολή με διδασκαλία της βασικής κλασικής παιδείας και των θεολογικών κειμένων. Πλάι στις Σχολές της Αντιόχειας και της Αλεξάνδρειας, της Βηρυτού και της Αθήνας, ο Μ. Κωνσταντίνος δημιουργεί στην πρωτεύουσα πανεπιστήμιο που, υπό την αυτοκρατορική αιγίδα, θα λειτουργήσει ως το τέλος της αυτοκρατορίας με διδασκαλία των κλασικών, των επιστημών και της φιλοσοφίας. Ο Ιουστινιανός θα αναπτύξει τη Νομική αναδεικνύοντας το πανεπιστήμιο στο σημαντικότερο κέντρο νομικών σπουδών.
Το 856 ο Βάρδας, θείος του Μιχαήλ Γ΄, ιδρύει δεύτερο πανεπιστήμιο στα ανάκτορα της Μαγναύρας το οποίο έκλεισε ο Βασίλειος Β΄. Το 1045 τρίτο πανεπιστήμιο ιδρύεται από τον Κωνσταντίνο Θ΄ τον Μονομάχο που επιθυμεί να αναδιοργανώσει τη νομική επιστήμη. Στο μεταξύ, ο Ιωάννης Μαυρόπους έχει ιδρύσει ιδιωτικό σχολείο και, ανάμεσα στους δασκάλους, είναι και ο Μιχαήλ Ψελλός. Ο Κωνσταντίνος θα προσθέσει στο πανεπιστήμιο Σχολή Φιλοσοφίας. Στα χρόνια των Κομνηνών η επίβλεψη των σπουδών περνάει στα χέρια της Εκκλησίας.
Όταν το πανεπιστήμιο, ακολουθώντας την πρωτεύουσα, μεταφέρεται στη Νίκαια, ο Ιωάννης Βατάτζης ιδρύει Σχολή Φιλοσοφίας όπου διδάσκει ο Νικηφόρος Βλεμμύδης. Όταν ο Μανουήλ Παλαιολόγος επανακτά την Κωνσταντινούπολη, ψυχή του πανεπιστημίου γίνεται ο Γεώργιος Ακροπολίτης. Την εποχή του Ανδρόνικου Β΄ Παλαιολόγου το πανεπιστήμιο γνωρίζει πραγματική άνθηση και γίνεται το πεδίο εφαρμογής του βυζαντινού ουμανισμού. Το τελευταίο οργανωμένο πανεπιστήμιο πρόσφερε ο Μανουήλ Β΄ Παλαιολόγος (1391-1425) ονομάζοντάς το «Καθολικόν Μουσείον».