Εγκαινιάστηκε την Κυριακή 18 Σεπτεμβρίου 2016, το ανακαινισμένο Αρχαιολογικό Μουσείο Κω, ακριβώς 80 χρόνια μετά την ανέγερση του κτιρίου το 1936. Τα εγκαίνια έγιναν από τον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού, Αριστείδη Μπαλτά, και τον Περιφερειάρχη Νοτίου Αιγαίου, Γιώργο Χατζημάρκο.

Στις δηλώσεις του ο κ. Μπαλτάς τόνισε μεταξύ άλλων: «Σήμερα είναι μια ευλογημένη ημέρα γιατί ανοίγει ξανά ένα Μουσείο. Tα Μουσεία είναι σύνθετες οντότητες για πολλούς λόγους. Ένας λόγος είναι ότι δεν έχουν “πατέρα” ή “μητέρα”’. Είναι συλλογικές προσπάθειες, που έχουν τις ρίζες τους αρκετά πίσω στο χρόνο. Σε αυτές τις προσπάθειες συμβάλλουν πολλοί άνθρωποι, πολλές ειδικότητες, τεχνίτες, αρχαιολόγοι, αρχιτέκτονες, τοπικές αρχές, κεντρικές υπηρεσίες κ.ο.κ., και συμβάλλουν διαχρονικά. Αυτή η διαχρονικότητα αποτυπώνει και τη διαχρονικότητα της ελληνικής ιστορίας. Έχεις την αίσθηση όπου πατάς στην Ελλάδα ότι βρίσκεις κάτω από τα πόδια σου χιλιάδες χρόνια ιστορίας. Και αυτό μας δίνει ένα στοιχείο ταυτότητας –από πού ερχόμαστε, πού βρισκόμαστε και που θέλουμε να πάμε– χωρίς αλαζονείες αλλά ούτε και υπερβολικές ταπεινοφροσύνες. Ούτε “ψωροκώσταινα” ούτε το “αρχαίο κλέος”. Ένα μουσείο, λοιπόν, αποτυπώνει μια στιγμή αυτής της ιστορίας. Και το άνοιγμα ενός μουσείου είναι ένα άνοιγμα πολλαπλό, άνοιγμα στην ιστορία του τόπου καταρχήν, αλλά αυτός ο τόπος δεν είναι απομονωμένος. Είναι ένα άνοιγμα στην ιστορία ολόκληρης της χώρας. Είναι όμως και ένα άνοιγμα για τους κατοίκους αυτής της περιοχής και άνοιγμα στους επισκέπτες του νησιού, αν τους δούμε όχι ως επισκέπτες που έρχονται εδώ για να αφήσουν τα χρήματά τους, αλλά για να καταλάβουν τον εαυτό τους μέσα από τη γνωριμία τους με τον δικό μας πολιτισμό. Το μουσείο αυτό είναι ένα μνημείο που συνοψίζει το γεγονός ότι σε αυτόν τον τόπο συνυπήρχαν και συνυπάρχουν διαφορετικοί πολιτισμοί, διαφορετικές εθνικότητες, άνθρωποι από διαφορετικές πλευρές του κόσμου, άλλοι πιο δυστυχισμένοι από εμάς, άλλοι λιγότερο δυστυχισμένοι από εμάς, άνθρωποι που όλοι μαζί μπορούμε να συνυπάρξουμε».

Το έργο «Αποκατάσταση–Eπανέκθεση Αρχαιολογικού Μουσείου Κω» εκτελέστηκε στο πλαίσιο του Επιχειρησιακού Προγράμματος Κρήτης και νήσων Αιγαίου 2007–2013, όπου εντάχθηκε το 2011 με προϋπολογισμό 2,3 εκατ. ευρώ.