Το συγκρότημα «Απολλώνιο» στο Πόρτο Ράφτη, ένας πρότυπος οικισμός με την υπογραφή του σημαντικού αρχιτέκτονα Κωνσταντίνου Δοξιάδη, που επιζητούσε την αρμονία ανάμεσα στον άνθρωπο και τη φύση, τις σύγχρονες ανάγκες και το ελληνικό τοπίο, και που σήμερα στέκει «λαβωμένο» εξαιτίας κατεδάφισης τμημάτων του, χαρακτηρίστηκε ιστορικός τόπος κατά την περασμένη συνεδρίαση του Κεντρικού Συμβουλίου Νεωτέρων Μνημείων.
Ο Κωνσταντίνος Δοξιάδης ξεκίνησε το σχεδιασμό του συγκροτήματος το 1969 με στόχο τη δημιουργία μιας πρότυπης κοινότητας καλλιτεχνών και ανθρώπων του πνεύματος, όπου θα εφαρμόζονταν διαχρονικές αξίες που είχαν χαθεί.
Το 1973 είχε ήδη υλοποιήσει ένα σημαντικό μέρος του οικισμού στην περιοχή του Αγίου Σπυρίδωνα στο Πόρτο Ράφτη, στον οποίο έδωσε το όνομα του θεού Απόλλωνα, του θεού της αρμονίας μεταξύ ανθρώπου και φύσης. Από τις συνολικά έξι προβλεπόμενες γειτονιές ήδη από εκείνη τη χρονιά παραδόθηκαν οι δύο: μία αποτελούμενη από 34 κατοικίες και άλλη μία αποτελούμενη από την κατοικία του αρχιτέκτονα-πολεοδόμου και το συνεδριακό κέντρο. Τα έργα βρίσκονταν σε εξέλιξη έως τον θάνατό του το 1975 και συνεχίστηκαν από τους συνεργάτες του και τη σύζυγό του έως την ολοκλήρωσή τους το 1982.
Το 2011 η Μη Κερδοσκοπική Εταιρεία «Monumenta» ενημέρωσε το υπουργείο Πολιτισμού ότι γίνονταν εργασίες κατεδάφισης στο συνεδριακό κέντρο και το σπίτι του Δοξιάδη στο «Απολλώνιο». Οι εργασίες έγιναν βάσει πράξης της Επιτροπής Πολεοδομικού και Αρχιτεκτονικού Ελέγχου της Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Ανατολικής Αττικής και άδειας της Διεύθυνσης Πολεοδομίας Μαρκόπουλου.
Η Εφορεία Νεωτέρων Μνημείων Αττικής προέβη σε προσωρινή διακοπή της κατεδάφισης, ωστόσο το συνεδριακό κέντρο και η κατοικία Δοξιάδη είχαν ήδη κατεδαφιστεί. Εξάλλου, έπειτα από προσφυγή της κόρης του αρχιτέκτονα, Ευφροσύνης Δοξιάδη, το Συμβούλιο της Επικρατείας έλαβε απόφαση ακύρωσης της άδειας κατεδάφισης της Διεύθυνσης Πολεοδομίας Μαρκόπουλου.
Η Εφορεία Νεωτέρων Μνημείων πρότεινε να χαρακτηριστεί ως μνημείο το εναπομείναν υπαίθριο θέατρο και ο περιβάλλων χώρος του. Ωστόσο, η σπουδαιότητα του συγκροτήματος οδήγησε τη Διεύθυνση Νεώτερης και Σύγχρονης Αρχιτεκτονικής Κληρονομιάς του υπουργείου να εισηγηθεί την κήρυξη όλου του συγκροτήματος ως ιστορικού τόπου, προκειμένου με τον τρόπο αυτό το υπουργείο Πολιτισμού να προστατεύσει το συγκρότημα ως σύνολο και όχι με βάση του τι απέμεινε. Την εισήγηση της ΔΝΕΣΑΚ δέχτηκαν κατά πλειοψηφία τα μέλη του Κεντρικού Συμβουλίου Νεωτέρων Μνημείων στην πρόσφατη συνεδρίασή τους. Με ψήφους εννιά υπέρ και μίας κατά (του καθηγητή Νίκου Ζία) τα μέλη του ΚΣΝΜ αποφάσισαν το χαρακτηρισμό του συγκροτήματος ως ιστορικού τόπου.
Παράσταση στη συνεδρίαση πραγματοποίησε και η πρόεδρος της «Monumenta», Ειρήνη Γρατσία, η οποία επισήμανε ότι «κηρύσσοντας το συγκρότημα, δημιουργείται η προϋπόθεση για την προστασία όλης της σύγχρονης μεταπολεμικής αρχιτεκτονικής».
Το Απολλώνιο βρίσκεται στην ανατολική ακτή της Αττικής, εντός του κόλπου του Πόρτο Ράφτη. Κατά την αρχαιότητα υπήρξε το τέρμα του δρόμου που συνέδεε την Αθήνα με τη γόνιμη πεδιάδα των Μεσογείων καθώς και με το λιμάνι από το οποίο οι Αθηναίοι προωθούσαν τα «Θεώρια», τους πρώτους καρπούς από κάθε σοδιά που έστελναν οι Υπερβόρειοι στο ιερό του Απόλλωνα στη Δήλο. Η ιστορική σημασία του τόπου συνετέλεσε στην επιλογή του από τον Κωνσταντίνο Δοξιάδη για την υλοποίηση του οράματός του.
Στο έργο αυτό ο σπουδαίος αρχιτέκτονας είχε την ευκαιρία να αναλάβει προσωπικά τον σχεδιασμό και να εφαρμόσει με ανεξαρτησία τις ιδέες του χωρίς την παρεμβολή πελάτη.
Η πρόθεσή του, σύμφωνα με δικές του μαρτυρίες, ήταν να παράξει αρχιτεκτονική αυθεντικά ελληνική, που να μην ανήκει σε κάποια συγκεκριμένη περίοδο ή στυλ, αλλά να γεννάται από το τοπίο και το αποτύπωμα των ανθρώπων που το κατοίκησαν αιώνες. Κεντρικός άξονας στον σχεδιασμό ήταν η αρμονία ανάμεσα στον άνθρωπο και τη φύση, ανάμεσα στις σύγχρονες ανάγκες και το ελληνικό τοπίο.
Το συγκρότημα περιλάμβανε τρεις τύπους κατοικίας, καθώς και ένα δίκτυο πεζοδρόμων και πρασίνου που κάλυπτε το 35% της ιδιοκτησίας. Στο συγκρότημα ο Δοξιάδης έχτισε και δική του κατοικία. Οι κατοικίες πλαισιώνονται από κοινόχρηστες εγκαταστάσεις, μεταξύ των οποίων το συνεδριακό κέντρο, το υπαίθριο θέατρο στα πρότυπα των αρχαίων κλασικών θεάτρων και η βυζαντινού τύπου εκκλησία. Το θέατρο και η εκκλησία σώζονται ως σήμερα.
Το συνεδριακό κέντρο και η κατοικία του ίδιου του Δοξιάδη μεταβιβάστηκαν σε τρίτους το 1981, έξι χρόνια μετά το θάνατο του δημιουργού τους, και εγκαταλείφθηκαν, μέχρι την κατεδάφισή τους το 2011. Οι κατοικίες του οικισμού διατηρούνται σε καλή κατάσταση και λειτουργούν κυρίως ως ιδιωτικές παραθεριστικές κατοικίες.