Η εύρεσή του πριν από 150 χρόνια οδήγησε στις ανασκαφές του Κεραμεικού. Ο ναΐσκος του Αγάθωνος, που ανακαλύφθηκε την άνοιξη του 1863, σχεδόν ταυτόχρονα με την ψηλή στήλη του Αγάθωνος και του Σωσικράτους, θα συντηρηθεί και θα αναδειχθεί με μελέτη που εκπονήθηκε από κοινού από τη Γ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων και το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο.

Η κυριότερη επέμβαση στο μνημείο αφορά στον θριγκό του μνημείου του 4ου αι. π.Χ., ο οποίος έχει υποστεί σημαντικές φθορές από τη ρύπανση και τις παλαιότερες επεμβάσεις, που δεν ήταν λίγες: Η κατάρρευση του θριγκού το 1863 οδήγησε σε άμεσες αναστηλωτικές εργασίες, το 1910 οι στερεωτικές επεμβάσεις –υπό τις οδηγίες του Νικόλαου Μπαλάνου– εξασφάλισαν τη στατική επάρκεια του μνημείου συνολικά, τη δεκαετία του ’60 οι σιδερένιοι σύνδεσμοι στη νότια όψη αντικαταστάθηκαν με μπρούντζινους, ενώ το 2011 λαμβάνονται σωστικά μέτρα από το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο.

Σύμφωνα με τη μελέτη, που πήρε το «πράσινο φως» από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο, ο θριγκός, που θα απομακρυνθεί από το μνημείο, θα συντηρηθεί και θα συμπεριληφθεί στη μόνιμη έκθεση του μουσείου του Κεραμεικού, ενώ ένα αντίγραφό του θα τοποθετηθεί στη θέση του αυθεντικού. Παράλληλα θα διενεργηθούν εργασίες συντήρησης και στα υπόλοιπα μέλη του μνημείου κατά χώραν, δηλαδή στο σημείο όπου βρίσκεται ο ναΐσκος.

Ο ταφικός ναΐσκος του Αγάθωνος, ύψους 1,80 μ., πλάτους 1,46 μ. και βάθους περίπου 50 εκ., έχει κατασκευαστεί από υμήττιο μάρμαρο με ελαφρώς φαιά απόχρωση. Βρίσκεται στη δυτική περιοχή του αρχαιολογικού χώρου του Κεραμεικού, στον ταφικό περίβολο των Ηρακλεωτών, στη νότια παρυφή της Οδού των Τάφων. Όταν αποκαλύφθηκε έφερε γραπτό διάκοσμο, που όμως χάθηκε λόγω της έκθεσής του σε συνθήκες υπαίθρου. Μεταξύ των εργασιών που θα γίνουν είναι να διερευνηθεί –μέσω υπεριώδους φωτογράφησης– η πιθανότητα να υπάρχουν ίχνη των χρωμάτων αυτών.