Τη δυνατότητα να καταγράψουν και να αναδείξουν τμήματα βενετσιάνικου ναού που βρίσκεται στο κέντρο του ενετικού λιμανιού των Χανίων, στη θέση του οποίου την περίοδο της Τουρκοκρατίας ανεγέρθηκε και σώζεται μέχρι σήμερα το μουσουλμανικό τέμενος Γιαλί Τζαμισί, έχουν αρχαιολόγοι της 28ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων.

Ο Δήμος Χανίων, την άνοιξη του 2012, είχε προχωρήσει στην κατεδάφιση του παλιού λιμενικού περιπτέρου που βρισκόταν δίπλα στο Γιαλί Τζαμισί, προκειμένου να το αναδείξει και στο πλαίσιο της ανάπλασης του περιβάλλοντος χώρου ξεκίνησαν δοκιμαστικές τομές που δίνουν την ευκαιρία στους αρχαιολόγους να ανασκάψουν και να καταγράψουν τα θεμέλια του βενετσιάνικου ναού.

Η ύπαρξη του μικρού μονόχωρου ναού είχε καταγραφεί από τους χαρτογράφους της Ενετικής περιόδου και τμήμα των θεμελίων του είχε βρεθεί στο παρελθόν κάτω από το δάπεδο του τζαμιού στη διάρκεια εργασιών συντήρησης – αναπαλαίωσης.

Ο βενετσιάνικος ναός φαίνεται πως κατεδαφίστηκε αμέσως μετά την κατάληψη των Χανίων από τους Τούρκους, προκειμένου να ανεγερθεί το τέμενος προς τιμήν του πρώτου φρουράρχου των Χανίων, Κιουτσούκ Χασάν, ενώ στα νεότερα χρόνια επικράτησε η ονομασία Γιαλί Τζαμισί.