Η παλαιοχριστιανική βασιλική της Αγίας Ειρήνης στην Περίσσα, που ανακαλύφθηκε το 1992 κάτω από την ερειπωμένη —συνονόματη— μεσοβυζαντινή εκκλησία του 8ου/9ου αιώνα μ.Χ., δεν είναι ένας συνηθισμένος ναός. Αποτελεί ένα από τα πιο αξιόλογα μνημεία των Κυκλάδων, τη σημαντικότερη και παλαιότερη βασιλική της Σαντορίνης (Santa Irene), από την οποία προήλθε και η ονομασία του νησιού.
Η τρίκλιτη βασιλική, της οποίας το μεσαίο κλίτος έχει μήκος 25 μέτρα, χρονολογείται στα τέλη του 5ου αιώνα, με πιθανή δεύτερη φάση οικοδόμησης το δεύτερο μισό του 6ου αιώνα μ.Χ.
Η ανακάλυψή της εντυπωσίασε τους αρχαιολόγους της 2ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων όταν, τη δεκαετία του ’90, κατά τη διάρκεια εργασιών υποστήλωσης του μεσοβυζαντινού ναού, βρήκαν σε όρθια θέση —και σε ύψος περίπου 1,5 μ.— τους κίονες με τα κιονόκρανα του βορειοδυτικού τμήματος του παλαιοχριστιανικού ναού.
Και όχι μόνο γι’ αυτό. Το μέγεθος και ο πλούτος του μνημείου, με αρχιτεκτονικά μέλη φτιαγμένα από μάρμαρο της Προκοννήσου, παραγγελμένα σε ειδικά βυζαντινά εργαστήρια, υποδήλωνε μια ανθηρή κοινωνία, που πιθανόν ταυτίζεται με την Ελευσίνα της Σαντορίνης, την οποία αναφέρει ο Πτολεμαίος ο Γεωγράφος τον 2ο αιώνα μ.Χ.
Γι’ αυτό και η έγκριση μελέτης από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο για τη διαμόρφωση του αρχαιολογικού χώρου, μέσα στον οποίο βρίσκονται οι δύο ναοί, αποτελεί σημαντική είδηση. Αρκεί το έργο να υλοποιηθεί σύντομα, καθώς τα μνημεία, που βρίσκονται σε πολυσύχναστο σημείο της Περίσσας, δεν προστατεύονται επαρκώς. Η μη περίφραξη, οι έντονες βροχοπτώσεις που μπορεί να πλημμυρίσουν τον διπλανό χείμαρρο και οι βράχοι, που κρέμονται από πάνω απειλητικά, είναι μερικά από τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι ναοί.
Εξάλλου, όπως παρατήρησε η αρχαιολόγος Ευγενία Γερούση, προϊσταμένη της Διεύθυνσης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων και ανασκαφέας του μνημείου, η δημιουργία ενός λατομείου, που λειτούργησε στο βουνό μετά τον σεισμό του 1956 για την ανοικοδόμηση του νησιού, επιβάρυνε τα βραχώδη πρανή.
Η περίφραξη του χώρου, που δεν θα επιτρέπει την είσοδο, θα αφήνει όμως ελεύθερη τη θέαση, η δημιουργία δύο χώρων με σκίαση και πινακίδες για τους επισκέπτες, η τοποθέτηση —μέσα από την περίφραξη— ειδικής πλατφόρμας για την έκθεση αρχιτεκτονικών μελών, η βελτίωση της υποστήλωσης του μεσοβυζαντινού ναού και η κατασκευή στεγάστρων, είναι μεταξύ των προτάσεων που πήραν τη θετική γνωμοδότηση των μελών του ΚΑΣ.