Νόμιμος κρίθηκε ο Οργανισμός του Μουσείου Ακρόπολης, αφού όμως προηγήθηκαν αρκετές «περικοπές» και διαγραφές διατάξεων από το Συμβούλιο της Επικρατείας, που εντόπισε διάφορα συνταγματικά προβλήματα και ζητήματα νομιμότητας, κυρίως σε διαδικασίες πρόσληψης ειδικού επιστημονικού προσωπικού, συμβασιούχων κ.λπ. Στο σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος, που πέρασε με κάποιες «απώλειες» από το ΣτΕ, προβλέπεται ότι θα προκληθεί δαπάνη 4.357.536 ευρώ στον κρατικό προϋπολογισμό και οι διατάξεις του που καθορίζουν τη νομική μορφή, την αποστολή του Μουσείου και τις αρμοδιότητες του γενικού διευθυντή, των υπηρεσιών κ.λπ. κρίθηκε ότι βρίσκουν κατ’ αρχήν νόμιμο στήριγμα στο ν. 3711/08.

Ωστόσο το Ε΄ τμήμα ΣτΕ υπό τον αντιπρόεδρο Κ. Μενουδάκο «έκοψε» αρκετές διατάξεις με γνώμονα τις συνταγματικές αρχές της ισότητας και της αξιοκρατίας, σε συνδυασμό με τη διάταξη του Συντάγματος που επιβάλλει προσλήψεις με αντικειμενικά κριτήρια από τις εγγυήσεις του ΑΣΕΠ.

Το ανώτατο δικαστήριο έκρινε ότι δεν είναι νόμιμη και πρέπει να διαγραφεί διάταξη του Οργανισμού για σύσταση 41 θέσεων προσωπικού με σχέση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου. Και τούτο διότι δεν προβλέπονται στο σχέδιο ΠΔ τα ιδιαίτερα καθήκοντα ή αυξημένα προσόντα, εν όψει των οποίων θα μπορούσε να δικαιολογηθεί πρόσληψη με τέτοιου είδους εργασιακή σχέση. Πρόβλημα, όμως, υπάρχει και με τις 15 θέσεις ειδικού επιστημονικού προσωπικού με σχέση εργασίας ορισμένου χρόνου, για τους οποίους κρίνεται ότι μπορούν να εξαιρεθούν από τον έλεγχο του ΑΣΕΠ μόνο οι διαδικασίες που αφορούν 6 γνωστικά αντικείμενα (αρχαιολογία, μουσειολογία, μουσειοπαιδαγωγική, συντήρηση αρχαιοτήτων-έργων τέχνης, αρχιτεκτόνων, μηχανικών πληροφορικής), ενώ δεν μπορούν να εξαιρεθούν άλλα 31 γνωστικά αντικείμενα που αναφέρονται στο σχέδιο ΠΔ.

Το ΣτΕ τονίζει (141/11) ότι γι’ αυτές τις προσλήψεις πρέπει να ισχύουν οι συνταγματικές εγγυήσεις της ισότητας, της αξιοκρατίας, του κράτους δικαίου με προκαθορισμένα αντικειμενικά κριτήρια, που παρέχουν εχέγγυα αμερόληπτης κρίσης, εποπτεία του ΑΣΕΠ και τελικά δικαστικό έλεγχο νομιμότητας.

Σύμφωνα με το ΣτΕ, πρέπει επίσης να διαγραφούν διατάξεις που προβλέπουν ότι ο προϊστάμενος της Γενικής Διεύθυνσης εισηγείται τους κανονισμούς για την οργάνωση και λειτουργία του Μουσείου, καθώς και τις διαδικασίες πρόσληψης δικηγόρου, γιατί διαφέρουν από την ειδική νομοθεσία για τους νομικούς (ν. 1649/86).