Την καταγωγή των Ιαπώνων ισχυρίζονται ότι προσδιόρισαν με βάση γλωσσολογικά και υλικά τεκμήρια δύο επιστήμονες από το Πανεπιστήμιο του Τόκιο. Πρόκειται για τους Sean Lee και Toshikazu Hasegawa οι οποίοι ισχυρίζονται ότι οι σημερινοί Γιαπωνέζοι προέρχονται γενετικά από δύο αρχαίους λαούς, τους Jomon και τους Yayoi, ενώ η γλώσσα τους αποκλειστικά και μόνο από τους Yayoi.

Οι πρώτοι κάτοικοι της Ιαπωνίας θεωρούνται οι Jomon, κυνηγοί-συλλέκτες που εποίκησαν τα νησιά 20.000 χρόνια πριν. Αργότερα εμφανίστηκαν οι γεωργοί Yayoi, οι οποίοι μετανάστευσαν από την Ασία, με τελευταίο τους σταθμό πριν την Ιαπωνία τη χερσόνησο της Κορέας. Σύμφωνα με τους δύο επιστήμονες, η άγνωστη μέχρι σήμερα γλώσσα που μιλούσαν οι Υayoi ταυτίζεται με τα αρχαία Ιαπωνικά (Japonic) από όπου προέρχονται οι σύγχρονες γλώσσες Ιαπωνικά και Ριουκιάν. Αυτό τουλάχιστον ήταν το συμπέρασμα ανάλυσης ενός αριθμού διαλέκτων της χώρας με λεξιλόγιο μικρότερο των 200 λέξεων. Το υλικό αυτό τροφοδότησε πρωτοποριακό υπολογιστικό μοντέλο γνωστό ως «Bayesian phylogeny» το οποίο έδειξε ότι τα αρχαία Ιαπωνικά ξεκινούν 2.282 χρόνια πριν από σήμερα ενώ η απαρχή τους συμπίπτει με την έλευση των Υayoi στην Ιαπωνία.

Το συμπέρασμα χαιρετίζεται ως «στιβαρό και λογικό» από μερίδα επιστημόνων. Ωστόσο, υπάρχουν αντιδράσεις από μέλη της επιστημονικής κοινότητας αλλά και από εκπροσώπους της κοινής γνώμης, καθώς η μοναδικότητα των Ιαπώνων, ένα από τα κύρια χαρακτηριστικά της εθνικής τους συνείδησης, φαίνεται ότι καταρρίπτεται από τη θεωρία που τους θέλει συνεχιστές μιας κουλτούρας μεταναστών που κατέκλυσαν τη χώρα μόλις το 400 π.Χ. Σίγουρα όμως οι Γιαπωνέζοι μπορούν να είναι ήσυχοι σε σχέση με τη…γενετική τους «καθαρότητα»: η μελέτη έδειξε ότι το 40% του πληθυσμού φέρει χαρακτηριστικά των ιθαγενών Jomon.