Η Χατσεπσούτ γεννήθηκε στις αρχές του 15ου αι. π.Χ. Ήταν κόρη του φαραώ Τούθμωσι Α´, που πέθανε όταν η πριγκίπισσα ήταν μόλις 11 ετών. Έτσι την πάντρεψαν με τον ετεροθαλή αδελφό της, Τούθμωσι Β´ με τον οποίο απέκτησε μια κόρη, τη Νεφερουρέ.
Στα τρία χρόνια ο νεαρός φαραώ πεθαίνει και τον τίτλο του Φαραώ παίρνει ο γιος που είχε αποκτήσει από μια παλλακίδα. Ο Τούθμωσις Γ΄ είναι τόσο μικρός που η Χατσεπσούτ ανακηρύσσεται αντιβασίλισσα, αλλά το 1479 π.Χ. παίρνει τον τίτλο του φαραώ, χωρίς ωστόσο ποτέ να υποσκελίσει τον νεαρό Τούθμωσι.
Καθώς όμως η άνοδος μιας γυναίκας στον φαραωνικό θρόνο δεν ήταν σύμφωνη με τα έθιμα, η Χατσεπσούτ απεικονιζόταν στα σημαντικότερα μνημεία της ως άνδρας.
Μετά την πτώση της και την ουσιαστική έναρξη της βασιλείας του Τούθμωση Γ´ ως μοναδικού φαραώ, η βασιλεία της θεωρήθηκε «ύβρις» και έτσι η ίδια δεν μνημονευόταν σε κανέναν από τους επίσημους βασιλικούς καταλόγους.