Το συνολικό έργο αναστήλωσης που έχει γίνει στη Σπιναλόγκα, όπως του το παρουσίασε η αρχαιολόγος του έργου κ. Εύη Σάλιακα, παρουσιάζει ο Λεωνίδας Γ. Κουδουμογιαννάκης σε ρεπορτάζ του που δημοσιεύθηκε στην εφημερίδα «Ανατολή».

Συγκεκριμένα, τον Σεπτέμβρη του 2011 ξεκίνησε η δεύτερη φάση του έργου «Ανάδειξη Οχύρωσης Νησίδας Σπιναλόγκας» υπό την επίβλεψη της Επιστημονικής Επιτροπής Ανάδειξης Οχυρωματικών Έργων Κρήτης. Το έργο έχει ενταχθεί στο πρόγραμμα του ΕΣΠΑ και υπάγεται στο Ταμείο Διαχείρισης Πιστώσεων για την Εκτέλεση Αρχαιολογικών Έργων. Η πρώτη φάση του έργου υλοποιήθηκε κατά τη διάρκεια του χρονικού διαστήματος 1997-2005, υπό την εποπτεία της 13ης ΕΒΑ.

Μιλώντας για τις εργασίες της δεύτερης φάσης του έργου (2011-2014) η κ. Σάλιακα ανέφερε: «Στις 18 Σεπτεμβρίου κλείσαμε ένα χρόνο εργασιών πάνω στη νησίδα με τα εξής αποτελέσματα: Με την αποχωμάτωση σε υπαίθριο χώρο νότια του Νοσοκομείου αποκαλύφθηκαν πέντε βαθμίδες της βοτσαλωτής κλίμακας που οδηγούσε στο τζαμί, μια μικρή πλατεία, ο αίθριος χώρος οθωμανικής οικίας με το αποχωρητήριο και τις δύο εισόδους που οδηγούσαν στα ιδιαίτερα διαμερίσματα. Εδώ έχουμε μια κλασική διάθρωση μιας οθωμανικής οικίας. Από την αποψίλωση, τους καθαρισμούς και την αποχωμάτωση, αποκαλύφθηκε στη βόρεια είσοδο του νοσοκομείου πλακόστρωτο δάπεδο και τοιχοποιίες της ενετικής περιόδου. Εδώ ο χώρος θα ερευνηθεί για την ταύτιση των αρχιτεκτονικών λειψάνων με τον καθολικό ναό της Αγίας Βαρβάρας ή με το ενετικό σανατόριο.

»Εκτός από τις εργασίες της διερεύνησης εκτελέστηκαν στερεωτικές εργασίες στις οικίες επί του κεντρικού δρόμου του οθωμανικού οικισμού, από τον Άγιο Παντελεήμονα μέχρι την κεντρική είσοδο του φρουρίου την Porta Maestra. Επίσης εκτελέστηκαν αναδόμηση, στερεωτικές εργασίες και αρμολογήματα στην εξωτερική επιφάνεια του δυτικού τείχους από την Ρorta Μaestra και νότια. Τα αποτελέσματα σήμερα είναι ορατά. Φέτος ειδικά οι φύλακες και οι ξεναγοί θαύμασαν τη διαφορά. Μετά την ολοκλήρωση του έργου το 2014 θα αυξηθούν τα πεδία».